Käibemaksuseadus (lühend - KMS)

Äris mõistlikult käitudes tulnuks suure maksumusega keerulise töö tegemiseks lepingut sõlmides otsustada ehitaja kogemuste, oskuste, võimaluste ja vastutuse üle. Kui selgus, et alltöövõtja asemel teeb töid keegi teine ning sellele ei pööratud tähelepanu, siis on tegemist äris tavapärase hoolsuse järgimata jätmisega. Vt ka otsuseid kohtuasjades nr 3-3-1-81-12 ( p 15) ja nr 3-3-1-60-11 (p 28).

Kui arved polnud nõuetekohased ja äriühing pidi teadma, et arvetel pole näidatud teenuse tegelik osutaja, tuleb vastavad kulutused maksustada TuMS § 51 lg 2 p 3 alusel. Seejuures tuleb MKS § 94 lg 1 kohaldamisel silmas pidada, et TuMS §-d 32 ja 51 pole erisätteks MKS § 94 lg 1 suhtes. Selle kohta vt ka otsuse asjas nr 3-3-1-15-13 annotatsiooni.

Reeglina tuleb kogu väljamakse lugeda ettevõtlusest väljaviidud rahaks ning täies ulatuses maksustada, kui äriühing on teinud väljamakse väidetavalt soetatud teenuse (sh ehitustööde) eest, kuid teenuse saamise fakt või teenust osutanud isik pole usaldusväärselt tuvastatav ( otsus asjas nr 3-3-1-60-11, p 33). Tingimusi, millal on ka teenuse puhul tulumaksusumma määramine hindamise teel võimalik, on käsitletud kohtuasjas nr 3-3-1-42-13 (p-d 16–18). Hindamise teel maksustamist on kohtupraktikas korduvalt selgitatud (vt nt otsused asjades nr 3-3-1-70-08, 3-3-1-60-11, 3-3-1-38-12, 3-3-1-81-12, 3-3-1-15-13, 3-3-1-42-13).

Hindamise teel maksustamisel tuleb maksukohustuslasel täita kaasaaitamiskohustust sellisel määral, mis võimaldab tegelikult kasutatud materjalide ja seadmete kindlakstegemist ja nende hinna määramist.

Kui ei ole selge, kes on kauba või teenuse tegelik müüja ja ostja teadis või pidi sellest teadma, siis käibemaksuarvestuses selliste tehingute kajastamine on õigusvastane ja alusetu.

Arvel märgitud käibemaksukohustuslaseks peab olema isik, kes kaupa müüs või teenust osutas. Selleks, et maksuarvestuse aluseks olev algdokument oleks nõuetekohane, tuleb esitada dokumentaalsed tõendid selle kohta, kes tegelikult teenust osutas ja kellele selle eest tegelikult tasuti.

Kohtupraktika kohaselt (otsus haldusasjas nr 3-3-1-38-12, p 27), on maksuhaldur maksude tasumise õigsuse kontrollimisel ja maksusumma määramisel kohustatud arvestama kõiki asjas tähendust omavaid, sh nii maksukohustust suurendavaid kui ka vähendavaid asjaolusid. Kui kaup on olemas, kuid maksuhalduri hinnangul ei ole seda saadud arvetel märgitud äriühingutelt ning maksukohustuslane pidi seda teadma, võib maksuhalduril lasuda kohustus määrata maksusumma hindamise teel vastavalt MKS §-le 94. Maksuhaldur peab kaaluma hindamise võimalikkust ja vajalikkust. Jaatava tulemuse korral peab maksuhaldur tasumisele kuuluva maksusumma määramise aluseks olevad asjaolud tegema kindlaks hindamise teel (vt otsused asjades nr 3-3-1-70-08, p 21; nr 3-3-1-60-11, p 38). MKS § 94 lg 1 sõnastus "maksuhaldur võib" ei anna maksuhaldurile õigust teha suvaotsus, vaid eeskätt pädevuse ja volituse otsustada maksusumma määramine ka hindamise teel (otsus haldusasjas nr 3-3-1-42-13, p 13).

Sisendkäibe¬maksu puhul ei ole juhtumil, kui tegelik müüja jääb välja selgitamata, maksusumma määramine hindamise teel võimalik (vt kolleegiumi otsused haldusasjades 3-3-1-50-04, p 16; nr 3-3-1-60-11, p 36; nr 3-3-1-38-12, p 24).

Andmete puudumine tegeliku müüja kohta ei välista tulumaksusumma määramist hindamise teel. Kirjalike tõendite puudumisel kauba soetamise kohta, on hindamise teel maksustamine MKS § 94 lg 1 järgi lubatud. Kuivõrd kauba eest makstud tasu arvestamata jätmine suurendab põhjendamatult ja olulises määras tulumaksukohustust, on hindamine eelduslikult vajalik.

Käibemaksuseaduse kohaldamisala määrab kindlaks KMS § 1 lg 1 p 1, mis sätestab, et käibemaksu objekt on käive, mille tekkimise koht on Eesti. Kauba käibe tekkimise koha määratlemine ei ole jäigas seoses käibe tekkimise ajaga. Kui kauba eest tasutakse näiteks varem, kuid kauba valdus antakse ostjale üle ajaliselt hiljem, pole käibe tekkimise aeg oluline. Tulenevalt sihtkohamaa põhimõttest määratakse kaupade käive üldjuhul kauba asukoha järgi.

Kaup asus ostu-müügilepingu sõlmimise ajal Lätis, kus seda kasutas rendilepingu alusel äriühing, kelle juhatuse liige oli samaaegselt ka ostja juhatuse liige. Kuigi nende isikute näol on tegemist eraldiseisvate õigussubjektidega, ei välista see ostja valduse olemasolu kaubale juba tehingu tegemisel.

Kaupa kasutava äriühingu juhatuse liige teostas otsest valdust kauba üle ning sama isiku kaudu oli ka ostjal valdus kaubale juba võõrandamistehingu tegemisel. Asja valduse üleandmiseks ei tulnud teha täiendavaid toiminguid, sh kaupa Eestisse toimetada. Omandi üleandmiseks piisas võõrandaja ja omandaja vahelisest kokkuleppest omandi ülemineku kohta (AÕS § 92 lg 2). Kuna kaup oli omandajale kättesaadav juba selle Lätis asumise ajal, on käibe tekkimise kohaks Läti ja käivet ei saa maksustada Eesti maksuseaduste alusel.

Kohtupraktika kohaselt saab halduskohtumenetluses välja mõista ainult halduskohtumenetluses kantud menetluskulusid, mitte haldusmenetluses kantud õigusabikulusid (otsus asjas nr 3-3-1-20-11, p 18). Haldusmenetluse seadus ja maksukorralduse seadus ei näe ette võimalust vaidemenetluses tehtud kulutuste hüvitamiseks, mistõttu pole vaidemenetluses tehtud kulutuste väljamõistmine vaidemenetluse teiselt poolelt võimalik (Riigikohtu halduskolleegiumi 16. märtsi 2005. a otsus asjas nr 3-3-1-93-04, p 10). Ka 1. jaanuarist 2012 kehtima hakanud halduskohtumenetluse seadustik ei ole aluseks nende seisukohtade muutmiseks. Vaidemenetluses kantud kulusid ei saa käsitada menetluskuludena, mida saaks MTA-lt HKMS § 109 alusel välja mõista.

Konkreetsel juhtumil ei saa üle nelja aasta kestnud üksikjuhtumi kontrolli pidada maksukohustuslasele ülemäära koormavaks. Kahe erineva üksikjuhtumi kontrolli raames kontrolliti kahte erinevat perioodi teineteise järel. Kontrolliti sündmuste ja toimingute ahelat, mis moodustasid maksustamise seisukohalt ühe terviku. Samuti ei olnud tegemist ka juba kontrollitu uuesti kontrollimisega.

Kulusid, mis on kantud äriühingu juhatuse liikme isiklikuks otstarbeks, ei saa pidada ettevõtlusega seotuks. Selliseid kulusid ei kantud äriühingu kasumi teenimise eesmärgil, samuti ei saa neid kulusid pidada vajalikeks ega kohasteks ettevõtluse säilitamiseks või arendamiseks.

Tulenevalt HKMS § 229 lg-st 2 lähtub Riigikohus ringkonnakohtu otsuse õiguspärasuse kontrollimisel nendest asjaoludest, mille on tuvastanud alama astme kohtud. Riigikohus ei saa tuvastada uusi asjaolusid ega anda asjas kogutud tõenditele teistsugust hinnangut, kui on seda teinud haldus- ja ringkonnakohus. Küll saab Riigikohus kontrollida, kas asjas tuvastatud asjaolud on õigesti kvalifitseeritud.

Kui tehingu toimumist kirjeldavas tõendis on tehingu majanduslik sisu märgitud ebaõigesti, pole tegemist nõuetekohase algdokumendiga (RPS § 7 lg 1 p 3). Selline asjaolu võib olla piisavaks aluseks, et kohaldada TuMS § 51 lg 2 p 3. Küsimus, kas asjas ilmnevad mõnele teisele sama paragrahvi teises lõikes toodud alusele vastavad asjaolud, pole sel juhul maksukohustuse väljaselgitamisel oluline (otsus kohtuasjas nr 3-3-1-34-07, p 15). Juhul kui ostjal puudub teenuse eest tasumist tõendav nõuetele vastav algdokument, siis maksustatakse väljamakse sõltumata sellest, kas see teenus on ettevõtluseks vajalik või mitte (otsus kohtuasjas nr 3-3-1-46-11, p 11).

Teenuse põhjalikumalt dokumenteerimine ei ole õigusaktidest tulenevalt kohustuslik ning maksukohustuslaselt ei saa nõuda ühegi konkreetse dokumendi koostamist lisaks raamatupidamisseaduse järgsetele algdokumentidele. Samas teenuse osutamise dokumenteerimata jätmise korral võtab maksukohustuslane endale riski, et hiljem ei õnnestu põhjendatud kahtluse tekkimisel teenuse saamist tõendada. Kohtupraktika kohaselt on MKS § 56 lg st 2 tulenevalt maksukohustuslasel kontrollitavuse tagamiseks kohustus koguda ja säilitada tõendeid eriti ettevõtja jaoks ebaharilike, põhjendatud kahtlust tekitavate või suure maksustamisväärtusega tehingute asjaolude kohta (otsus kohtuasjas nr 3-3-1-43-09, p 14).

Vt lahendi nr 3-3-1-81-12- annotatsiooni.

Teenuse põhjalikumalt dokumenteerimine ei ole õigusaktidest tulenevalt kohustuslik ning maksukohustuslaselt ei saa nõuda ühegi konkreetse dokumendi koostamist lisaks raamatupidamisseaduse järgsetele algdokumentidele. Samas teenuse osutamise dokumenteerimata jätmise korral võtab maksukohustuslane endale riski, et hiljem ei õnnestu põhjendatud kahtluse tekkimisel teenuse saamist tõendada. Kohtupraktika kohaselt on MKS § 56 lg st 2 tulenevalt maksukohustuslasel kontrollitavuse tagamiseks kohustus koguda ja säilitada tõendeid eriti ettevõtja jaoks ebaharilike, põhjendatud kahtlust tekitavate või suure maksustamisväärtusega tehingute asjaolude kohta (otsus kohtuasjas nr 3-3-1-43-09, p 14).

Maksuotsuses mitme õigusliku aluse nimetamine on maksuotsuse adressaadile eksitav. Kohtupraktika kohaselt ei pruugi selline põhjendamispuudus kaasa tuua haldusakti tühistamist, kui asjakohane regulatsioon on olemas (otsused kohtuasjades nr 3-3-1-46-11, p d 12–14 ja nr 3-3-1-33-07, p 16).

Kui liisinguvõtja annab liisingueseme omandamise õiguse üle teisele isikule, siis sellega andis liisinguvõtja üle rahaliselt hinnatava õiguse. Õiguse võõrandamine, samuti õiguse kasutamisest loobumine, kui see toimub ettevõtluse korras ja tasu eest, vastab KMS § 2 lg 3 p-s 3 defineeritud teenuse mõistele.

Kui liisingulepingust tulenevate õiguste üleandmist käibemaksuga ei maksustataks, viiks see ebavõrdse kohtlemiseni. Lõpptarbijal võib tekkida alusetu maksueelis, kui tal oleks võimalus omandada liisinguese kokkulepitud jääkväärtusega (nt ühe kuu liisingumakse eest) ning selle õiguse eest liisinguvõtjale makstav tasu (niinimetatud hinnavahe kompensatsioon) jääks käibemaksuga maksustamata.

Tarbimismaksuks olev käibemaks peab toimima neutraalselt ja tagama sarnase majandusliku sisuga tehingute ühetaolise maksustamise. Selleks tuleb maksustamisel ühetaoliselt kohelda tehingut, mille puhul liisinguvõtja kasutab oma õigust saada liisingueseme omanikuks ja võõrandab seejärel liisingueseme, ning tehingut, millega liisinguvõtja annab liisingueseme omandamise õiguse üle teisele isikule. Määravaks ei ole, kas toimub liisingulepingu ühe poole asendamine või leping lõpetatakse ja sellele järgneb müügilepingu või uue liisingulepingu sõlmimine.

Kui liisingulepingust tulenevate õiguste üleandmist käibemaksuga ei maksustataks, viiks see ebavõrdse kohtlemiseni. Lõpptarbijal võib tekkida alusetu maksueelis, kui tal oleks võimalus omandada liisinguese kokkulepitud jääkväärtusega (nt ühe kuu liisingumakse eest) ning selle õiguse eest liisinguvõtjale makstav tasu (niinimetatud hinnavahe kompensatsioon) jääks käibemaksuga maksustamata.

Vastavalt MKS § 5 lg-le 1 on riiklike maksude maksuhaldur Maksu- ja Tolliamet. MKS § 44, mis reguleeris Maksuameti kohalike asutuste territoriaalset pädevust, on alates 1. jaanuarist 2004 kehtivuse kaotanud (otsus kohtuasjas nr 3-3-1-86-10, p 10). Maksuhalduri haldusaktile kirjutab alla maksuhalduri juht, juhi asetäitja või juhi poolt volitatud ametnik. Volitatud isiku poolt allakirjutamise korral märgitakse allkirja juurde allkirjastamisõigust andva dokumendi number ja kuupäev ning koht, kus on nimetatud dokumendiga võimalik tutvuda. Allkirjastamisõigust andvad dokumendid avaldatakse maksuhalduri veebilehel (MKS § 46 lg-d 5 ja 6). Ametniku volitusi haldusakti andmisel ei ole piiratud struktuuriüksuse tööpiirkonnaga.

Ettevõtte ülemineku kindlakstegemiseks ei saa lähtuda ainuüksi sellest, millise vormi pooled on tehingule andnud. Pooled ei saa valida tehingule vormi, mis ei vasta selle sisule, kuid annab siiski maksustamisel eeliseid. Pooled võivad küll sõlmida põhivara ostu-müügilepingu, kuid asjaoludest kogumis võib nähtuda, et tegelikult toimus ettevõtte üleminek. Ka siis, kui pooled ei ole sõlminud eraldi lepinguid kõigi ettevõtet puudutavate õiguste ja kohustuste ülemineku osas, võib asjas tuvastatu põhjal olla selge, et vastavad õigused ja kohustused on siiski üle läinud. Maksustamisel saab ja tuleb lähtuda sellest, mis majanduslikus mõttes tegelikult toimus.

Tehingut tuleb maksustamisel hinnata vastavalt tegelikele asjaoludele, tehingu majanduslikust sisust lähtuvalt. Poolte tahe ettevõtte üleminekuks ei ole ettevõtte ülemineku tuvastamise puhul määrav. Kui tegelikest asjaoludest tulenevalt toimus ettevõtte või selle osa üleminek, siis ei oma tähtsus, et poolte tahe ei olnud suunatud ettevõtte või selle osa üleminekule. Tähendust ei oma ka see, kas tehing tehti seotud osapoolte vahel või mitte.

Kohtupraktika kohaselt piirab KMS § 4 lg 2 p 1 sisendkäibemaksu mahaarvamist. Ostjal ei ole sisendkäibemaksu mahaarvamise õigust, kui ettevõtte või selle osa on üle antud võlaõigusseaduse tähenduses ning müüja on arvel näidanud käibemaksu, mida seaduse kohaselt ei oleks tohtinud lisada, ja jätab käibemaksu riigile tasumata (otsus asjas nr 3-3-1-20-11, p-d 13-14). Ettevõte on majandusüksus, mille kaudu isik tegutseb ning ettevõttesse kuuluvad ettevõtte majandamisega seotud ja selle majandamist teenivad asjad, õigused ja kohustused, muu hulgas ettevõttega seotud lepingud. Ettevõtte üleminekut reguleerivad VÕS §-d 180–185 ei anna ettevõtte ülemineku ammendavaid kriteeriume. Ettevõtte ülemineku hindamisel analüüsimist vajate kriteeriumide kohta vt otsus asjas nr 3-3-1-20-11 annotatsiooni. Ettevõtte üleminekut ei välista see, kui ülevõtja asub ülevõetud ettevõtte tegevust mitmekesistama.

Kinnistute võõrandamisel, mis ei olnud KMS § 4 lg 2 p 1 kohaselt käsitatav käibena, kehtib ostja kohta põhimõte, millest lähtuvalt sisendkäibemaksu mahaarvamine toimub selle alusel, mida ostja hakkab või kavatseb hakata omandatud kinnistuga tegema – kas sellest tekib maksustatav või maksuvaba käive.

Maksuhaldur pole kahtluse alla seadnud asjaolu, et mittekäibena käsitatav tehing oli ettevõtlusega seotud. Sellises olukorras ei ole sisendkäibemaksu mahaarvamise õiguse piiramine õigustatud. Kinnistute soetamise viis, st ettevõtte üleminek, ei ole sisendkäibemaksu mahaarvamise õiguse piiramisel asjassepuutuv argument. Otsuses asjas nr 3-3-1-3-09 on leitud, et sisendkäibemaks arvatakse maha kohe kaupade ja teenuste soetamisel või nende eest tasumisel, sõltumata sellest, millal tegelikult hakatakse kaupa või teenust kasutama. Sisendkäibemaksu mahaarvamisel pole oluline, kas ostja on tasunud kauba või teenuse eest osaliselt või täies ulatuses. Mahaarvamine on lubatud, kui tegemist on maksustatava käibe tarbeks soetatud kauba või teenusega. Seda seisukohta ei muudeta, sest käibemaksu kumuleerumist tuleb vältida. Käibemaksu kumuleerumist on analüüsitud otsuses haldusasjas nr 3-3-1-21-02 (vt p 18).

Käibemaksuga maksustatakse ja ostja saab sisendkäibemaksuna maha arvata üksnes sellise käibemaksusumma, mis on arvestatud tehingutelt, millest tekib Eestis käive, ja tingimusel, et neid tehinguid ei käsitata maksuvaba käibena. Käivet ei teki ettevõtte või selle osa üleandmisest võlaõigusseaduse tähenduses. Ettevõtte üleminekut reguleerib kehtivas õiguses esmajoones VÕS 9. peatüki 4. jagu (§ d 180–185). VÕS § 181 kohaselt ei kohaldata VÕS 9. peatüki 4. jao sätteid ettevõtte üleminekule juriidiliste isikute ühinemise, jagunemise või ümberkujundamise puhul, samuti kui ettevõtte üleminek toimub seaduse alusel, eelkõige sundtäitmisel või pankrotimenetluses.

VÕS § 181 omab KMS § 4 lg 2 p 1 kohaldamisel tähtsust. Samas ei välista VÕS § 181 igasugust TMS-ga reguleeritud vara müüki VÕS rakendusalast. Otsuses asjas nr 3-2-1-131-12, p-s 12 on leitud, et täitemenetluse seadustik ei keela kasutada ostueesõigust, kui kinnisasi müüakse kohtutäituri kontrolli all TMS §-s 102 sätestatud korras. Sellist praktikat ei saa tunnustada, mis võimaldab võlgnikul ostueesõiguse kasutamise vältimiseks taotleda asja müümist kohtutäituri kontrolli all.

Vara müük TMS § 102 alusel erineb oluliselt muust selle seadustikuga reguleeritud vara müügist täitemenetluses. VÕS §-s 181 kasutatud mõiste „sundtäitmisel“ ei tähenda TMS § 102 viisil müümist, sest TMS § 102 lg-s 6 on selgelt ja ühemõtteliselt viidatud võlaõigusseaduse kohaldatavusele. Seega ei välista kinnisasjade müük kohtutäituri kontrolli all TMS § 102 lg 1 tähenduses ettevõtte üleminekut VÕS § 180 järgi ning VÕS §-st 181 tulenev piirang ei rakendu. (NB! Seisukoha muutus! Vt RKHKo 27.03.2019, nr 3-17-590/31, 15 jj)

Maksustamisel kontrollitavate asjaolude määramisel on oluline tuvastada kauba saamine, hoolimata sellest, kas kaup saadi väidetavalt müüjalt või tundmatult isikult. Kui kaupa ei olegi saadud, tuleb väljamakse reeglina maksustada tulumaksuga ja ostja ei või sisendkäibemaksu maha arvata. Sellisel juhul puudub reeglina ka ostja heausksus. Tundmatult isikult kauba saamisel, tuleb sisendkäibemaksu mahaarvamise osas selgitada, kas ostja teadis või pidi teadma, et tehingu teine pool pole tegelik müüja. "Pidi teadma" tähendab, et kogutud tõendid ja tuvastatud asjaolud kogumis viitavad sellisele olukorrale või oleks ostja saanud hoolsuskohustust täites teada, et tegemist pole tegeliku müüjaga. Kui kaup saadi, kuid ostja pidi teadma, et tegemist pole tegeliku müüjaga, siis peab maksuhaldur kaaluma, kas on võimalik ja vajalik määrata maks hindamise teel.

Käibeks loetakse teenuse osutamist ettevõtluse käigus ning teenus on saadud päeval, mil toimus teenuse osutamine või selle eest tasumine. Seejuures peetakse silmas konkreetse, oluliste tunnuste abil identifitseeritava teenuse osutamist. Teenuse saamisega kaasneb sisendkäibemaksu mahaarvamise õigus, kuid seda saab teha üksnes nõuetekohase arve alusel. Nõuetekohane on arve, mis vastab KMS § s 37 sätestatud tingimustele.

Ebamäärasuse vältimiseks ning kohtumenetlus eesmärgipärasemaks muutmiseks soovitab Riigikohus kasutada mõisteid "võltsarve" ja vajadusel ka "näilik tehing", eristades seejuures sellist näilikku tehingut, millega varjatakse teist tehingut. Nn fiktiivseid tehinguid ei saa põhjendusteta, täpsustusteta ja selgitusteta lugeda näilikeks tehinguteks MKS § 83 lg 4 mõttes ( näilike tehingutega seonduvat on viimati selgitatud asjades nr 3-3-1-46-11, p d 18–22, ja 3-3-1-23-12, p d 17–19).

Eristada tuleb olukorda, kus müüja tegelikult ettevõtluses ei osale ning olukorda, kus müüja on oma tegevuse, sh maksuarvestuse ja maksude tasumise, korraldanud õigusvastaselt. Kohtupraktikas on korduvalt selgitatud, et heauskne ostja ei vastuta müüja tegevuse õigusvastasuse eest. Maksustamise seisukohast ei oma tähtsust, kas müüja poolt pakutava kauba n-ö päritolu on õiguspärane või mitte. Ainuüksi asjaolust, et müüjal ei saanud sellist kaupa õiguspäraselt olla, ei saa järeldada, et kaupa polnudki.

Tehingu toimumist tõendavad eeskätt tõendid üleantud kauba või saadud teenuse kohta, tasumine müüja pangakontole, arve, tehingu kajastamine raamatupidamises ja maksuarvestuses ning (kontrollimisel) poolte kinnitus tehingu toimumise kohta. Hinnates kõiki tõendeid kogumis ei saa ilma konkreetse põhjenduseta jätta eelpool nimetatud tõendeid kõrvale.

Eriseadustega võib olla kehtestatud tehingute dokumenteerimise täpsem kord. Sellisel juhul tuleb maksuhalduril tuvastada, kas on olemas seaduse nõuetest tulenev tõend tehingu toimumise kohta. Sellise tõendi puudumine võib põhjendada kahtlust, et tegemist on võltsarve ja näiliku tehinguga ning et tõendamiskoormus läheb maksukohustuslasele üle.

Riigikohus on haldusasjas nr 3-3-1-15-12 (p 49) leidnud, et üldjuhul ei tohiks kohus täitevvõimu tegevusse omal algatusel ennetavalt sekkuda ega anda eelhinnangut kavandatava akti õiguspärasusele. Samas asjas on ka selgitatud (p 50), millised kriteeriumid peab halduskohus välja selgitama, kui annab välja loa täitmist tagavate toimingute jaoks, millega ennetavalt tagatakse tulevikus koostatava vastutusotsuse täitmist. Kui maksuhalduril on kavatsus teha otsus tagastusnõude kohta, peab halduskohus luba andes välja selgitama eelpoolnimetatud kriteeriumitest punktid a-d ning j.

Kui maksuhaldur on tagastusnõude aktsepteerinud, siis on käibemaksu tagastusnõude kontrollimenetlus MKS § de 106 ja 107 ning KMS § 34 tähenduses lõpetanud ning tagastusnõudele vastav rahasumma tuleb kanda isiku sellekohase taotluse olemasolul viivitamatult isiku pangakontole (MKS § 106 lg 2, korra § 14 lg d 1 ja 2). Kuna tagastusnõude aktsepteerimisega on tagastusnõude kontrollimenetlus lõppenud, puudub menetlus, mille tagamiseks saaks täitmist tagava toiminguna isiku ettemaksukontot arestida. Ennetavate täitetoimingute seadmine eeldab maksuhalduri poolt uue kontrolli alustamist.

Tagastusnõue on maksukohustuslase õigus saada tagasi enammakstud maksusumma. Maksukohustuslasel ei ole pea tagastusnõude täitmise taotlust esitama, vaid tal on õigus jätta tagastusnõue tulevikus tekkivate rahaliste kohustuste tähtaegse tasumise kindlustamise katteks.

Tuleb eristada tagastusnõude tuvastamist ja tagastusnõude täitmise nõuet (vt ka otsust asjas nr 3-3-1-89-06). Tagastusnõude aktsepteerimine on toiming, millega maksuhaldur tunnistab tagastusnõude olemasolu. Tagastusnõude selline tuvastamine lõpeb enammakse kandmisega maksukohustuslase ettemaksukontole.

Tagastusnõude täitmiseks peab maksukohustuslane esitama maksuhaldurile vastava taotluse. Käibedeklaratsioonis (rahandusministri määrusega kehtestatud vorm KMD, RT I, 04.04.2012, 12) ei ole maksukohustuslasel võimalik esitada tagastusnõude täitmise taotlust. Käibedeklaratsiooni täitmise juhendi kohaselt tuleb enammakstud käibemaksu (sh ka eelnevate perioodide enammakstud käibemaksu) tagastamieks (tagastusnõude täitmise nõue) esitada taotlus ettemaksukontol oleva raha tagastamiseks või kandmiseks teise isiku ettemaksukontole.

Maksuhaldur saab motiveeritud otsuse alusel pikendada tagastusnõude täitmise tähtaega kuni 90 kalendripäeva ning korraga võib tähtaega pikendada kuni 30 kalendripäeva. Otsuse tähtaja pikendamise kohta teeb maksuhaldur hiljemalt viis kalendripäeva enne tähtaja lõppemist. Tagastusnõude täitmise peatamise ja pikendamise alused on MKS § s 107 ja KMS § s 34 loetletud ammendavalt. Kui tagastusnõude rahuldamata jätmist ei ole võimalik tagastusnõude täitmise tähtaja jooksul põhjendada, tuleb nõue rahuldada. Maksusumma tagastamine ei välista edaspidist põhjalikumat kontrolli ning maksusumma lõplikku kindlaksmääramist MKS § 98 lg s 1 sätestatud tähtaja jooksul. (Vt ka otsus asjas nr 3-3-1-8-08.)

Kohus peab kontrollima, kas enammakse kontrollimenetluse tähtaega pikendati või kas tähtaja pikendamine oli üldse võimalik, hoolimata sellest, kas otsust on vaidlustatud. Kohtul ei ole õigust anda luba maksukohustuslase ettemaksukonto arestimiseks, kui kontrollimenetlus on lõppenud menetluseks ettenähtud tähtaja möödumise tõttu. Maksuhalduril ei ole õigust pärast kontrolli teostamiseks antud maksimaalse tähtaja möödumist lükata tagastusnõude täitmise otsustamist määramatusse tulevikku, kasutades ära aresti seadmise võimalust ettemaksukontole.

Menetluskulude väljamõistmiseks esitatakse kohtule enne kohtu-vaidlusi menetluskulude nimekiri ja kuludokumendid. Kirjaliku menetluse puhul esitatakse menetluskulude nimekiri ja kuludokumendid kohtu poolt määratud tähtaja jooksul. Menetluskulu dokumendid on esitatud tähtaegselt, kui need on esitatud küll pärast sisulise lahendi tegemist, kuid kohtu poolt antud tähtaja jooksul. Sellisel juhul ei ole asjakohane viidata ka tööpäeva lõpule, sest HKMS § 68 lg-te 1 ja 2 järgi võib avaldust esitada kogu tähtaja vältel kuni kella 24.00-ni tähtpäeval.

MKS § 136¹ lg 1 (redaktsioonis kehtivusega 01.01.2011 kuni 30.11.2012) ja § 130 lg 1 p 6 alusel on maksuhalduril halduskohtu loal õigus tulevase maksukohustuse täitmise tagamiseks arestida maksukohustuslase rahalisi nõudeid ja keelata isikul neid sisse nõuda. Rahandusministri 19.12.2008 määruse nr 51 "Riiklike maksude maksuhalduri poolt hallatavate nõuete ja kohustuste arvestusse kandmise, tasumise ja tagastamise kord" § 6 kohaselt hallatakse ettemaksukontol isiku rahalisi toiminguid. Maksukorralduse seadus ei näe ette ettemaksukonto arestimise võimalust. Isiku pangakonto arestimise võimalust sätestavat MKS § 131 lg-t 1 ei saa kasutada analoogia alusel ettemaksukonto arestimiseks. Ettemaksukonto arestimine ei ole siiski võimatu, sest kontol on maksukohustuslase rahalised nõuded riigi vastu ning seetõttu tuleb konto arestimist käsitleda ettemaksukontol oleva rahalise nõude arestimisena MKS § 130 lg 1 p 6 ja TMS § 111 tähenduses. Ettemaksukonto arestimine kui isiku õigusi oluliselt riivav meede vajaks aga seadusandjapoolset reguleerimist.

Maksuhaldur ei pea loa taotlemiseks ootama, millal isik hakkab oma vara võõrandama ja muudab end maksejõuetuks. Kohtult võib taotleda luba täitmist tagavate toimingute sooritamiseks juba siis, kui on olemas põhjendatud kahtlused, näiteks käimasoleva maksumenetluse käigus kogutud tõendid, isiku ebausaldusväärne käitumine maksuõigussuhetes ja maksupettusele viitavad asjaolud.

Kohus peab loa andmisel arvestama, et täitmist tagavate toimingute sooritamine piirab maksukohustuslaste õigusi ja vabadusi. Seetõttu peab nende kohaldamine olema vajalik ja mõõdukas.

Ettemaksukonto arestimine tagastusnõude tuvastamiseks ette nähtud tähtaegu ei peata ega pikenda. Enammakse ei jõua ettemaksukontole enne tagastusnõude aktsepteerimist. Tagastusnõude aktsepteerimisega on tagastusnõude tuvastamise menetlus MKS §‑de 106 ja 107 ning KMS § 34 tähenduses lõppenud, kuna asjas puudub menetlus, mille tagamiseks saaks täitmist tagava toiminguna isiku ettemaksukontot arestida.

Tagastusnõude näol on tegemist isiku õigusega saada tagasi seaduses ettenähtust rohkem makstud maksusumma või muu enammakse. Eristada tuleb tagastusnõude tuvastamise ja täitmise nõudeid (vt ka otsus asjas nr 3-3-1-89-06). Maksuhaldur kontrollib tagastusnõude tuvastamisel enammakse olemasolu ja õigsust ning kui enammakset ei ole tekkinud, teeb selle kohta motiveeritud maksuotsuse. Maksuhaldur aktsepteerib tagastusnõuet, kui seda välistavaid asjaolusid ei tuvastata. Tagastusnõude tuvastamise menetlus lõpeb enammakse kandmisega maksukohustuslase ettemaksukontole.

Tagastusnõude täitmiseks peab maksukohustuslane esitama maksuhaldurile vastava taotluse (MKS § 106 lg 1). Käibedeklaratsiooniga (rahandusministri määrusega kehtestatud vorm KMD, RT I, 04.04.2012, 12) ei saa tagastusnõude täitmise taotlust esitada. Deklaratsiooni täitmise juhendi kohaselt tuleb enammakstud käibemaksu (sh ka eelnevate perioodide enammakstud käibemaksu) tagastamise taotlemisel esitada taotlus ettemaksukontol oleva raha tagastamiseks või kandmiseks teise isiku ettemaksukontole. Maksukohustuslane võib jätta enammakse ka tulevaste rahaliste kohustuste katteks.

Kui tagastusnõude tekkimist kontrollitakse ilma tagastusnõude täitmise taotluseta, kohaldatakse § 106 lg tes 2, 2¹, 3 ja 7 ning §-s 107 sätestatut. Seega kehtivad ka ilma tagastusnõude täitmise taotluseta enammakse tuvastamise menetluses samad tähtajad. Käibemaksu tagastusnõude õigsust saab kontrollida maksimaalselt 120 päeva jooksul ning kui tähtaja peatamise alused puuduvad, tuleb 120 päeva jooksul tagastusnõue aktsepteerida või jätta aktsepteerimata ja teha kirjalik motiveeritud otsus. Tagastusnõude täitmise taotluse olemasolu korral tuleb kontrollitud tagastusnõue viivitamata täita (MKS § 106 lg 2). Tagastusnõude seadusega sätestatud tähtaja jooksul täitmata jätmisel on maksuhaldur kohustatud arvestama tähtpäevaks tagastamata summalt intressi (MKS § 116 lg 2).

Tagastusnõude kontrollimiseks ettenähtud tähtajaga arvestamata jätmist ei saa põhjendada võimalusega tagastusnõue arestida ja sellele täitemenetluse käigus nagu rahalisele nõudele sissenõuet pöörata (MKS § 34 lg 1). Käibemaksu tagastusnõude menetlemisel tuleb järgida MKS § des 106 ja 107 ning KMS §-s 34 ette nähtud erikorda ja -tähtaegu.

Tagastusnõude aktsepteerimine ja selle täitmine ei välista edaspidist täielikumat kontrolli ning maksusumma lõplikku kindlaksmääramist MKS § 98 lg s 1 sätestatud tähtaja jooksul. Selleks tuleb algatada vastav üksikjuhtumi kontrollimenetlus.

Kui tagastusnõue ei ole piisavalt tõendatud, võib maksuhaldur § 107 lg 3 alusel pikendada kirjaliku motiveeritud otsusega tagastusnõude täitmise tähtaega ning anda tagastusnõude esitajale tähtaja täiendavate tõendite esitamiseks. Kui tõendeid ei esitata tähtaegselt, teeb maksuhaldur otsuse enammakse tagastamata jätmise kohta.

Ettemaksukonto arestimine tagastusnõude tuvastamiseks ette nähtud tähtaegu ei peata ega pikenda. Enammakse ei jõua ettemaksukontole enne tagastusnõude aktsepteerimist. Tagastusnõude aktsepteerimisega on tagastusnõude tuvastamise menetlus MKS §‑de 106 ja 107 ning KMS § 34 tähenduses lõppenud, kuna asjas puudub menetlus, mille tagamiseks saaks täitmist tagava toiminguna isiku ettemaksukontot arestida.

KMS § 12 lg s 14 sätestatud maksustatava väärtuse korrigeerimise erisäte on kohaldatav vaid siis, kui kauba soetajal või teenuse saajal ei ole sisendkäibemaksu täieliku mahaarvamise õigust. Kui tehingu asjaolud viitavad kahtlusele, et ostjal oli selle tehingu kujundamisel kavatsus saavutada suurema summa sisendkäibemaksu mahaarvamine, kui müüja oleks reaalselt sellelt tehingult riigile käibemaksu tasunud, siis on tegu erandliku olukorraga, kus on võimalik kohaldada MKS § 83 lg-t 4. Sellisel juhul on võimalik korrigeerida tehingu väärtust vastavalt selle tehingu väärtusele, mida pooled tegelikult silmas pidasid.

Ainuüksi tehingu ebamõistlikult kõrge hind ei anna alust MKS § 83 lõike 4 kohaldamiseks, vaid maksuhaldur peab ära näitama ka ostja või müüja eeldatava maksueelise ning tahtluse maksueelise saavutamiseks.

Ka kaubamärgi registreerimistaotlusel võib olla väärtus ning seda tuleb tehingu tegeliku hinna määramisel arvestada.

KMS § 12 lg s 14 sätestatud maksustatava väärtuse korrigeerimise erisäte on kohaldatav vaid siis, kui kauba soetajal või teenuse saajal ei ole sisendkäibemaksu täieliku mahaarvamise õigust. Kui tehingu asjaolud viitavad kahtlusele, et ostjal oli selle tehingu kujundamisel kavatsus saavutada suurema summa sisendkäibemaksu mahaarvamine, kui müüja oleks reaalselt sellelt tehingult riigile käibemaksu tasunud, siis on tegu erandliku olukorraga, kus on võimalik kohaldada MKS § 83 lg-t 4. Sellisel juhul on võimalik korrigeerida tehingu väärtust vastavalt selle tehingu väärtusele, mida pooled tegelikult silmas pidasid.

Ainuüksi tehingu ebamõistlikult kõrge hind ei anna alust MKS § 83 lõike 4 kohaldamiseks, vaid maksuhaldur peab ära näitama ka ostja või müüja eeldatava maksueelise ning tahtluse maksueelise saavutamiseks.

KMS § 12 lg-te 14–17 aluseks on käibemaksudirektiivi muutmine, kuna direktiivi 2006/69/EÜ art 1 lg 3 punktiga b lisati direktiivi 77/388/EMÜ artikli 11 A-osasse lõige 6 (vt ka otsus asjas nr 3-3-1-36-10). Samasisuline säte on praegu kehtivas käibemaksudirektiivis 2006/112/EÜ art 80. Nimetatud muudatuse eesmärk on tõkestada käibemaksust kõrvale¬hoidumist tehingute abil, millega käibemaksukohustuslane võõrandab kaupa või osutab teenust lõpptarbijale (isikule, kellel ei ole sisendkäibemaksu mahaarvamise õigust) turuhinnast madalama hinnaga. Riigi maksukahju seisneb taolise tehingu puhul selles, et riigile laekuv käibemaks ei vasta ostjatele antud hüve tegelikule väärtusele. Ostjate maksueelis seisneb selles, et nad saavad kaupu ja teenuseid väiksema käibemaksukoormusega maksustatult ja seega soodsamalt, kui nad saaksid juhul, kui oleksid kõnealused kaubad või teenused ostnud mõnelt muult isikult turuhinnaga. Selline olukord võib esineda näiteks oma töötajate või lepingupartnerite puhul, kes võivad osa saadud kaupade ja teenuste hinnast varjatud kujul kinni maksta oma töö või osutatud teenusega.

Kui Riigikohus jätab ringkonnakohtu otsuse muutmata ja järgib ringkonnakohtu otsuse põhjendusi, ei pea Riigikohus oma otsust põhjendama. Riigikohus peab sel juhul märkima, et järgib ringkonnakohtu otsuse põhjendust.

Maksuõigussuhetes on TsÜS § s 25 toodud üldpõhimõttest erandlikult omistatud kohaliku omavalitsuse üksuse asutustele juriidilise isikuga sarnane õigusvõime. Ametiasutused või hallatavad asutused ei saa omavahel küll teha tsiviilõiguslikult kehtivad tehinguid, kuid nende vahel võib toimuda kauba võõrandamine KMS § 2 lg 5 tähenduses või teenuse osutamine KMS § 2 lg 3 p 3 tähenduses. Kui see toimub ettevõtluse käigus, siis maksustatakse ka asutuste omavaheline käive käibemaksuga üldises korras ning asutusel on õigus maha arvata sisendkäibemaksu üldises korras. Võimalik omavaheline alluvussuhe ei ole käibemaksuga maksustamise seisukohast oluline.

Riigi või kohaliku omavalitsuse üksuse asutuste omavahelise käibe maksustamise vajadus tuleneb ka käibemaksudirektiivi preambuli põhjenduses 5 kirjeldatud lisandväärtusmaksu üldisest põhimõttest, mille kohaselt on maksustamine neutraalne siis, kui maksu kohaldamine hõlmab kõiki tootmis- ja turustusetappe.

Kohaliku omavalitsuse üksuse ametiasutuse ja ametiasutuse hallatava asutuse vahelist käivet tuleb maksustamise seisukohast hinnata samamoodi nagu käivet, mis oleks tekkinud tsiviilõiguslikust tehingust kahe iseseisva juriidilise isiku vahel (näiteks kui linna spordiasutuste haldamiseks oleks moodustatud mitu sihtasutust, kes oleksid omavahel teinud müügitehingu). Tõendite hindamisel tuleb aga arvestada asutuste õigusvõime piiratud olemust.

Kinnisasja parendusi saab käsitada iseseisva kauba võõrandamisena kui parenduste käigus luuakse olemasolevale ehitisele juurdeehitis. Sellisel juhul toimub ehitise osa võõrandamine enne ehitise osa esmast kasutuselevõttu ning selline tehing on KMS § 16 lg 2 p 3 kohaselt käibemaksuga maksustatav. Riigikohtu otsuses kohtuasjas nr 3-3-1-18-09 (p 11) on selgitatud, et tulenevalt KMS § 16 lg 2 p st 3 võib olemasoleva ehitise parendamise korral maksuobjektiks olla juurdeehitis, mis võõrandati eraldi. Vaidlusaluses asjas ei ole esitatud tõendeid, millest järelduks, et objekt, mis spordikeskusele üle anti ja raamatupidamises investeeriguna kajastati, oleks olnud olemasoleva spordihoone juurdeehitis, mida oleks saanud iseseisva kaubana üle anda.

Kohtupraktikas (vt otsus kohtu¬asjas nr 3-3-1-29-99) on selgitatud, et maksuõiguses tuleb ettevõtluseks pidada mitte üksnes ettevõtjate tegevust, vaid ka teiste isikute maksuseadustes sätestatud tingimustele vastavat majandustegevust. Kui kahe eraõigusliku juriidilise isiku vahel oleks toimunud tehing, kus üks juriidiline isik korraldab teise isiku omandis oleva kinnisasja ehitamist või remonti, siis oleks seda maksustatud sõltuvalt tehingu asjaoludest kas kauba võõrandamise või teenuse osutamisena. Avalik-õigusliku isiku asutuste vahel toimunud samasuguse tehingu käibemaksuga maksustamata jätmisel võiks selle tulemusena lõpptarbijale pakutava toote (spordihoone kasutamise teenus) omahind suureneda või väheneda võimaliku maksmata või maha arvamata sisendkäibemaksu võrra.

Registreerimiskohustuse aja tuvastamisel lähtus ametiasutus eeldusest, et tehtud tehing kujutas endast kauba soetamist ja edasimüüki. Asjaolu, et ametiasutuse maksuõiguslik käsitlus tehingu tõlgendamisest kauba võõrandamisena oli ekslik, ei tohiks tuua kaasa sisendkäibemaksu mahaarvamise õiguse kaotamist ja sellega kaasnevat käibemaksu kumulatsiooni.

Kohaliku omavalitsusüksuse ametiasutus registreeriti käibemaksukohustuslaseks tagasiulatuvalt alates 31. oktoobrist 2009, samuti toimus kauba võõrandamisega käsitatud tehing 31. oktoobril 2009. Sisendkäibemaksu mahaarvamise õigus tulenes KMS § 29 lõikest 5, kuid kui osutati vaid teenust, siis nimetatud säte ei kohaldu. Sellisel juhul ei saaks ametiasutus enne käibemaksukohustuslasena registreerimise päeva soetatud teenustelt sisendkäibemaksu maha arvata, kui teenuse edasimüük toimus 31. oktoobril 2009 või hiljem.

Kui ametiasutus sai ja osutas teenust osaliselt ka enne 31. oktoobrit 2009, siis võib rakendamisele kuuluda KMS § 20 lg 11 koostoimes § 19 lõikega 1. Sellisel juhul tuleb arvestada ka Euroopa Kohtu (kohtuasi nr C 385/09) seisukohta, mille kohaselt siseriikliku õigusega ei tohi keelata sisendkäibemaksu mahaarvamise õigust tagasiulatuvalt, kui käibemaksukohustuslane täidab kõik direktiiviga käibemaksu mahaarvamiseks ette nähtud tingimused ja registreerib ennast mõistliku aja jooksul pärast registreerimiskohustuse tekkimist liikmesriigis käibemaksukohustuslaseks. Praegusel juhul võib tekkida vajadus jätta KMS § 29 lg 5 kohaldamata vastuolu tõttu käibemaksudirektiiviga ning lubada kaebajal sisendkäibemaksu maha arvata enne käibemaksukohustuslasena registreerimist saadud teenustelt.

Tulenevalt MKS § 46 lg-test 1-3 ja § 95 lg-st 2 peab maksuhaldur esitama maksuotsuses asjakohased põhjendused, miks asuti seisukohale, et kaup või teenus pole soetatud maksustatava käibe tarbeks. Ettevõtluseks tehtud kulutuse puhul tuleb sisendkäibemaksu mahaarvamise õiguse kontrollimisel kõigepealt selgitada, kas tegemist pole maksuvaba käibega. Ettevõtlusega seotuse kontrollimiseks tuleb esmalt tuvastada kauba või teenuse soetamise otstarve. Seejuures peab maksukohustuslane kaasaaitamiskohustuse täitmise korras esitama vastavad põhjendused. MKS § 56 lg 2 alusel tuleb maksukohustuslasel pidada arvestust maksustamise seisukohast tähendust omavate asjaolude kohta, säilitada ja vajadusel esitada tõendeid selliste asjaolude kohta. Kauba või teenuse soetamise otstarve peab olema kas ilmselge või peab otstarve või kasutamine olema kontrollitav.

Kui arvele on kantud nii äriühingu ärinimi kui ka juhatuse liikme nimi, siis võib ka selline arve olla nõuetekohane hoolimata sellest, et osa andmeid on kirjutatud käsitsi.

Tulenevalt MKS § 46 lg-test 1-3 ja § 95 lg-st 2 peab maksuhaldur esitama maksuotsuses asjakohased põhjendused, miks asuti seisukohale, et kaup või teenus pole soetatud maksustatava käibe tarbeks. Ettevõtluseks tehtud kulutuse puhul tuleb sisendkäibemaksu mahaarvamise õiguse kontrollimisel kõigepealt selgitada, kas tegemist pole maksuvaba käibega. Ettevõtlusega seotuse kontrollimiseks tuleb esmalt tuvastada kauba või teenuse soetamise otstarve. Seejuures peab maksukohustuslane kaasaaitamiskohustuse täitmise korras esitama vastavad põhjendused.

Kui arvele on kantud nii äriühingu ärinimi kui ka juhatuse liikme nimi, siis võib ka selline arve olla nõuetekohane hoolimata sellest, et osa andmeid on kirjutatud käsitsi.

MKS § 56 lg 2 alusel tuleb maksukohustuslasel pidada arvestust maksustamise seisukohast tähendust omavate asjaolude kohta, säilitada ja vajadusel esitada tõendeid selliste asjaolude kohta. Kauba või teenuse soetamise otstarve peab olema kas ilmselge või peab otstarve või kasutamine olema kontrollitav.

Käibemaksu objektiks loetakse ka kauba või teenuse omatarve (KMS § 4 lg 1 p 2). Kui kaup või teenus pole soetatud ettevõtluseks, siis ei tähenda see, et tegemist on maksustamisele kuuluva omatarbega. Kaup või teenus, mis pole soetatud ettevõtluseks, kuid puudub ka omatarve, maksustamisele ei kuulu. Sellise kauba või teenuse puhul ei saa sisendkäibemaksu maha arvata põhjusel, et seda kaupa või teenust ei kasutata maksustatava käibe tarbeks. Ettevõtlusega seotuse, omatarbe ja sisendkäibemaksu mahaarvamise õiguslikud alused ja maksuõiguslikud tagajärjed ning neile juhtumitele vastavad olulised asjaolud on erinevad. Sisendkäibemaksu mahaarvamise osas tuleb kontrollida, kas kaup või teenus on soetatud maksustatava käibe tarbeks, kas pole tegemist maksuvaba käibega.

Vaidluses sõiduautode omatarbe üle peab maksuhaldur käibemaksukohustuse õigeks väljaselgitamiseks tulenevalt KMS § 12 lg-st 7 tuvastama, kas neid autosid kasutati sellisel viisil, mis on hinnatav erisoodustuse andmisena tulumaksuseaduse mõttes (vt ka Riigikohtu 03.03.2009 otsuse asjas nr 3-3-1-93-08 p-e 10-13).

Tulenevalt MKS § 46 lg-test 1-3 ja § 95 lg-st 2 peab maksuhaldur esitama maksuotsuses asjakohased põhjendused, miks asuti seisukohale, et kaup või teenus pole soetatud maksustatava käibe tarbeks. Ettevõtluseks tehtud kulutuse puhul tuleb sisendkäibemaksu mahaarvamise õiguse kontrollimisel kõigepealt selgitada, kas tegemist pole maksuvaba käibega. Ettevõtlusega seotuse kontrollimiseks tuleb esmalt tuvastada kauba või teenuse soetamise otstarve. Seejuures peab maksukohustuslane kaasaaitamiskohustuse täitmise korras esitama vastavad põhjendused. MKS § 56 lg 2 alusel tuleb maksukohustuslasel pidada arvestust maksustamise seisukohast tähendust omavate asjaolude kohta, säilitada ja vajadusel esitada tõendeid selliste asjaolude kohta. Kauba või teenuse soetamise otstarve peab olema kas ilmselge või peab otstarve või kasutamine olema kontrollitav.

Müüjatel reaalse majandustegevuse puudumise tuvastamisel on ostja pahausksust kinnitavaks asjaoluks see, kas ostja teadis või pidi teadma, et müüjatel tegelikult majandustegevus puudub. Seda teades pidi ostja olema teadlik ka asjaolust, et müüjad ei saa olla talle teenuse osutajateks. Kui isik teadis või pidi teadma tehingu tegelikest asjaoludest, sh tehingu kohta esitatud dokumendi võimalikust fiktiivsusest, kuid kajastas seda dokumenti siiski maksukohustust vähendavana oma maksudeklaratsioonis, on tegemist ostja pahausksusega, sest toimumata tehingu kajastamine maksudeklaratsioonis saab oma iseloomult olla üldjuhul tahtlik tegu. Sellisel juhul ei pea kohtud tuvastama n-ö erilist sidet ostja ja müüja vahel näiteks selle näol, et müüjad olid ostja kontrolli või juhtimise all või et müüja seaduslikul esindajal on perekondlikud, töö- või muud sarnased suhted müüjate esindusõiguslike isikutega. Olukorras, kus ostja on "ostnud" fiktiivse arve "arvevabrikult", on "varifirma" loomine toimunud "arvevabrikuga" seotud isikute poolt ning "varifirma" ei ole ostja kontrolli ja juhtimise all. Sellisel juhul ei saa maksuhaldur "erilist sidet" tuvastada.

Kui isikute maksumenetluses antud seletused ja kohtumenetluses antud ütlused on vastuolulised, siis ei tohi kohus tugineda vaid kas maksumenetluses või kohtumenetluses antud ütlustele, ilma et ta põhjendaks, miks ta teises menetluses antud ütlusi ei arvesta. Kohaseks põhjenduseks ei saa olla üksnes väide, et ütlused kohtumenetluses on antud vande all. Kohtumenetluses tuleb hinnata kõiki tõendeid.

Kui maksuhaldurile vastu vaidleva äriühingu esindaja ning temaga tehtud tehingute teist poolt esindavate isikute seletused on omavahel vastuolus, võib see tähendada, et need seletused ei ole tõendina usaldusväärsed ega lükka ümber maksuhalduri esitatud seisukohti.

Maksukohustuslane saab vaide- või kohtumenetluses edukalt tugineda maksumenetluses esitamata jäetud maksukohustust vähendavale tõendile üksnes juhul, kui tõendite esitamata jätmine ei olnud tingitud tahtlusest või hooletusest (vt Riigikohtu 14.10.2007 otsust haldusasjas nr 3-3-1-47-07).

HKMS § 16 lg-st 3 ja TsMS § 232 lg-st 1 tuleneb kohtu kohustus hinnata tõendeid kogumis ja vastastikuses seoses. Kui haldusmenetluses ja kohtumenetluses kogutud tõendid on vastuolus, on kohtu ülesanne hinnata vastuolulisi tõendeid kogumis ning otsustada, millised tõendid on kohtu jaoks veenvad, ning selgitada, miks kohus neid veenvaks peab ja miks ta need otsuse tegemisel aluseks võtab. Samuti tuleb põhjendada, miks kohus ei pea veenvaks kõrvale jäetud tõendeid. Ütluste usaldusväärsuse kontrollimisel on oluline muu hulgas hinnata ka ütlustes väljendatud asjaolude "elulist usutavust" ehk seda, milline on ütlustes kajastuvate asjaolude üldine tõenäosus (vt Riigikohtu 01.09.2008 otsust asjas nr -1-1-61-08).

MKS § 102 lg 1 p 2 järgi maksuotsus muudetakse või tunnistatakse kehtetuks uue asjaolu või tõendi ilmnemise tõttu maksukohustuse vähendamiseks, kui asjaolu või tõendi hilisem teatavaks saamine ei olnud põhjustatud maksukohustuslase tahtlusest või hooletusest. Maksukohustuslane saab vaide- või kohtumenetluses edukalt tugineda maksumenetluses esitamata jäetud maksukohustust vähendavale tõendile üksnes juhul, kui tõendite esitamata jätmine ei olnud tingitud tahtlusest või hooletusest (vt Riigikohtu 14.10.2007 otsust haldusasjas nr 3-3-1-47-07).

Riigikohtu praktikast tuleneb, et sisendkäibemaksu mahaarvamine või tagastamise taotlemine võib olla alusetu eeskätt näiteks juhtudel, kui tehingu poolte vahel esineb pettusele viitav seos (asjad nr 3-3-1-39-03; 3-3-1-50-03); kui ostja ei näita üles äris nõutavat või tavapärast hoolsust, arvestades kaupade või teenuse iseärasusi, eriti juhul, kui väljapoole maksuõigust jääv seadus paneb tehingu poolele täiendavaid kohustusi ostu-müügi vormistamiseks või müüja isikusamasuse kontrollimiseks (asjad nr 3-3-1-40-03; 3-3-1-43-03; 3-3-1-52-03; 3-3-1-59-03); kui ostja ei teadnud ega pidanudki teadma, et müüja pole tegelik müüja ning see asjaolu ei võinud selguda ka ostja poolt äris nõutava ja tavapärase hoolsusega käitudes (asi nr 3-3-1-34-06); kui on tõendatud kaebaja osavõtt maksupettusest, kaebaja hooletusest tingitud pahausksus või muud asjaolud, mis annavad alust järeldada, et arvetel märgitud käivet faktiliselt ei toimunud (asi nr 3-3-1-97-07). Samuti on märgitud, et ainuüksi arvete nõuetekohasus ei välista tehingute mittetoimumist (asi nr 3-3-1-97-07). Seega juhtudel, kus vaidlus kauba või teenuse olemasolu üle puudub, kaup on reaalselt olemas ja teenust on osutatud, kuid seda ei saadud arvel märgitud registreeritud käibemaksukohustuslaselt, kuulub tõendamisele ka ostja pahausksus.

Kinnisasja käive oli KMS § 16 lg 2 p-st 3 lähtudes maksuvaba nii enne kui pärast 1. jaanuari 2006. Maksuvabastust ei kohaldatud ehitisele, mis võõrandati enne selle esmast kasutuselevõttu. Alates 1. jaanuarist 2006 ei kohaldata maksuvabastust ka siis, kui ehitist on oluliselt parendatud ja see võõrandatakse enne parendamisele järgnevat taaskasutuselevõttu. Enne 1. jaanuari 2006 polnud oluliselt parendatud ehitise võõrandamine enne selle taaskasutuselevõttu maksuobjektiks. Nii enne kui pärast 1. jaanuari 2006 võis maksuobjektiks olla juurdeehitis, mis võõrandati eraldi.

Mõisteid ehitise esmane ja taaskasutuselevõtt tuleb vaadata koos, kusjuures neil puudub kattuv osa. Kui taaskasutuselevõtt tuleb siduda varemkasutatud ehitise parendamisega, siis esmakasutuselevõtt uusehitisega. Ehitise parendamise sidumine esmakasutuselevõtuga moonutaks alates 1. jaanuarist 2006 kehtiva KMS § 16 lg 2 p 3 redaktsiooni sisu, sest nimetatud sätte alusel on oluline hoopiski see, millisel määral ehitist parendati. Kui parendustega seotud kulutused ületavad vähemalt 10% ehitise või selle osa soetusmaksumust enne parendamist, siis maksuvabastust ei kohaldata. Järelikult on varem kasutatud, kuigi parendatud ehitise võõrandamine maksuvaba käive, kui parendamine ei toimunud olulises määras. KMS § 16 lg 2 p-st 3 ei nähtu ega tulene, et oluline oleks kinnistu jagamine või ehitise sihtotstarbe muutmine.

Kinnisasja omanik võib teha oma vara säilitamiseks ja korrashoidmiseks kulutusi ka siis, kui kinnisasja valdus on üle antud teisele isikule. Sellised kulutused on ettevõtlusega seotud kulud isegi siis, kui kinnisasja omanik ei nõua neid valdajalt sisse. Vara kasutamiskõlblikkuse tagamiseks ja heas seisukorras hoidmiseks tehtud kulutused vähendavad tulevikus tekkivaid kulusid või võimaldavad kinnisasja omanikul saada hiljem tulu kinnisasja müügist või kasutada andmisest.

Enne 1. maid 2004 soetatud ja pärast 1. maid 2004 maksuvabalt võõrandatud kinnisasja soetamisel ja parendamiselt tasutud sisendkäibemaksu korrigeerimisel kehtib alates 1. maist 2004 kehtivas Käibemaksuseaduses sätestatud 10-aastane periood. Kalendriaastate arv alates kinnisasja kasutusele võtmisest oma ettevõtluses kuni seaduse jõustumiseni korrutatakse ümberarvestamise perioodi arvutamisel kahega. Käibemaksuseaduse vastavasisulise rakendussätte § 46 lg 5 kohaselt on seadusandja selgesõnaliselt soovinud rakendada uue seaduse kehtivust kogu 2004. aastale. Seda kinnitab ka näiteks sama paragrahvi lg-s 4 sätestatu, mille kohaselt lubatakse eluruumi käivet või eluruumi üürile andmist käibemaksuga maksustada tingimusel, et maksukohustuslane on maksustamise soovist maksuhaldurit kirjalikult teavitanud enne 2004. aasta 1. jaanuari.

Kaebuse osalise rahuldamise korral jagatakse HKMS § 92 lg 2 kohaselt menetluskulud proportsionaalselt kaebuse rahuldamisega. Kui vaidlustatud oli rahalist nõuet sisaldav haldusakt, siis tähendab proportsionaalne jagamine haldusakti tühistatud ja kehtivaks jäänud osa rahalise väärtuse vahekorrast lähtuvat arvutust. Teistsugusel põhimõttel saaks menetluskulusid jagada näiteks siis, kui lisaks rahalisele nõudele on vaidluse esemeks ka mitterahalised nõuded (näiteks tuvastamiskaebus või kaebus sellise haldusakti tühistamise nõudes, millega ei määrata maksusummat).

Sisendkäibemaks arvatakse maha kohe kaupade ja teenuste soetamisel või nende eest tasumisel, sõltumata sellest, millal tegelikult hakatakse kaupa või teenust kasutama. Sisendkäibemaksu mahaarvamisel ei ole oluline, kas ostja on tasunud kauba või teenuse eest osaliselt või täies ulatuses. Sisendkäibemaksu mahaarvamine on lubatud, kui tegemist on maksustatava käibe tarbeks soetatud kauba või teenusega. Käibemaksuga maksustamise seisukohalt on oluline kaupade võõrandamisele ja teenuste osutamisele suunatud majandustegevus (tootmine), mitte aga näiteks kasumi saamise eesmärk. Kaupade võõrandamine iseseisva kaubandustegevuse käigus tähendab ka seda, et soetatud kaup müükase hiljem edasi ning seejuures puuduvad soetamise hetkel tõendid võimaliku tarbimiseks kasutamise kohta.

Rehvitööde ja rehvide säilitamise ning sõiduauto kasutamise puhul peab maksukohustuslane suutma tõendada, milline seos on neil teenustel maksukohustuslase maksustatava käibega, sest nende teenuste puhul on ettevõtlusega mitteseotud kasutuse tõenäosus märkimisväärne. Kinnisvara puhul piisab asjaolust, et see ei ole elamiskõlblik.

Ehkki ettevõtjate vaheline käive maksustatakse, ei teki sellest ettevõtluskulude puhul ettevõtja jaoks tegelikku maksukoormust, sest kahe ettevõtja vahel selline tehing jääb kokkuvõttes maksuvabaks. Ka teeseldud või varjatud tehingu puhul tekib müüjal maksustatav käive ja sellelt käibelt käibemaksu tasumise kohustus. Nimetatud kohustusele korrespondeerub ostja õigus sisendkäibemaksu maha arvata.

Kui maksuotsus on nõuetekohaselt motiveeritud, siis läheb tõendamiskoormis üle maksukohustuslasele. MKS § 150 lg 1 kohaselt lasub maksukohustuslasel maksuotsusega määratud maksusumma vaidlustamise korral kohustus tõendada, et maksusumma määrati valesti (vt ka Riigikohtu 20.06.2007 otsuse asjas nr 3-3-1-34-07 p-i 13).

Teeseldud tehingu tähendust maksustamisel reguleerib MKS § 83 lg 4, mis sätestas kuni 01.01.2009, et teeseldud tehingut ei võeta maksustamisel arvesse. Kui teeseldud tehing tehakse teise tehingu varjamiseks, kohaldatakse maksustamisel varjatud tehingu kohta käivaid sätteid (vt Riigikohtu 23.09.2005 otsust asjas nr 3-2-1-80-05). MKS § 83 lg 4 kohaldamine eeldab varjatud tehingu tuvastamist. Maksuhaldur ei pea tegelikku tehingut tsiviilõiguslikult täpselt kvalifitseerima ning tehingu tsiviilõiguslik ja maksuõiguslik kvalifikatsioon ei pea alati kokku langema (vt ka Riigikohtu 04.10.1999 määrust asjas nr 3-3-1-31-99).

Vara võõrandamisest saadud kasu arvutamisel tuleb laekunud müügitulu vähendada sellelt arvutatud käibemaksu võrra. Samuti tuleb vara soetamismaksumust ja võõrandamisega seotud kulusid vähendada sisendkäibemaksuna maha arvatava käibemaksu võrra.

Maksumaksja saab teha mahaarvamisi ainult dokumentaalselt tõendatud kulude osas (MKS § 56 lg 2 teine lause). Nimetatud nõue pole aga takistuseks maksuhaldurile, kes võib maksusumma määramise aluseks olevad asjaolud tuvastada hindamise teel.

MKS § 94 lg 1 sõnastus "maksuhaldur võib" tähendab eeskätt pädevust ja volitust otsustada maksusumma määramine mitte üksnes dokumentaalsete tõendite ja täpsete andmete alusel, vaid ka hindamise teel. Maksuhaldur peab kaaluma, kas hindamine on vajalik ja lubatud. Kui hindamine on vajalik ja lubatud, on maksuhaldur kohustatud tuvastama tasumisele kuuluva maksusumma määramise aluseks olevad asjaolud hindamise teel. MKS § 94 lg-st 1 tuleneb, et hindamine on lubatud, kui maksu määramiseks vajalikud kirjalikud tõendid on puudulikud, ebapiisavad, mitteusaldusväärsed, hävinud või kadunud ja muude tõenditega ei ole võimalik maksukohustuse aluseks olevaid asjaolusid tuvastada. Maksuhalduri poolt hindamise kasutamine ei tohi viia olukorrani, kus maksukohustuslasele on kasulik oma kohustusi eirata. Hindamiseks sobiva meetodi peab valima maksuhaldur. Arvestada tuleb ka sellega, et vajadusel alustab maksuhaldur menetlust seoses maksualase süüteoga.

Arvestuse peab tegema maksukohustuslane ise. Kaasaaitamiskohustuse ulatusliku täitmise korral on võimalik ka see, et nimetatud arvestuse teeb maksuhaldur või kasutab vastavate oluliste asjaolude tuvastamiseks hindamist vastavalt MKS §-le 94.

MKS § 94 lg 1 sõnastus "maksuhaldur võib" tähendab eeskätt pädevust ja volitust otsustada maksusumma määramine mitte üksnes dokumentaalsete tõendite ja täpsete andmete alusel, vaid ka hindamise teel. Maksuhaldur peab kaaluma, kas hindamine on vajalik ja lubatud. Kui hindamine on vajalik ja lubatud, on maksuhaldur kohustatud tuvastama tasumisele kuuluva maksusumma määramise aluseks olevad asjaolud hindamise teel. MKS § 94 lg-st 1 tuleneb, et hindamine on lubatud, kui maksu määramiseks vajalikud kirjalikud tõendid on puudulikud, ebapiisavad, mitteusaldusväärsed, hävinud või kadunud ja muude tõenditega ei ole võimalik maksukohustuse aluseks olevaid asjaolusid tuvastada. Maksuhalduri poolt hindamise kasutamine ei tohi viia olukorrani, kus maksukohustuslasele on kasulik oma kohustusi eirata. Hindamiseks sobiva meetodi peab valima maksuhaldur. Arvestada tuleb ka sellega, et vajadusel alustab maksuhaldur menetlust seoses maksualase süüteoga.

Arvestuse peab tegema maksukohustuslane ise. Kaasaaitamiskohustuse ulatusliku täitmise korral on võimalik ka see, et nimetatud arvestuse teeb maksuhaldur või kasutab vastavate oluliste asjaolude tuvastamiseks hindamist vastavalt MKS §-le 94.

Kasutatud kauba käibemaksuga maksustamiseks on KMS §-s 41 sätestatud erikord, mille alusel saab maksukohustuslane, kes soetab kasutatud kauba edasimüügi tarbeks ning ei kasuta seda kaupa (lg 1), pidada maksustatavaks väärtuseks kauba müügi ja ostuhinna vahet, mida on vähendatud selles sisalduva käibemaksu võrra. Erikorra kohaldamiseks peavad olema dokumendid, mis tõendavad kauba soetamist vastavalt KMS § 41 lg-s 1 nimetatud tingimustele. Ainuüksi asjaolu, et isik pole pidanud eriarvestust, aga ei välista tema jaoks soodsama erikorra kohaldamist. Nõutava arvestuse puudumine ei tähenda keeldu arvestust tagantjärele teha. Niisuguse võimaluse eitamine tähendaks koormavama maksustamismeetodi kohaldamist, millel võib olla lubamatu karistuslik iseloom, üksnes seetõttu, et pole täidetud kohustust pidada eriarvestust. Arvestuse peab tegema maksukohustuslane ise. Kaasaaitamiskohustuse ulatusliku täitmise korral on võimalik ka see, et nimetatud arvestuse teeb maksuhaldur või kasutab vastavate oluliste asjaolude tuvastamiseks hindamist vastavalt MKS §-le 94.

Kauba kasutamise all peetakse KMS § 41 lg-s 1 silmas kauba kasutamist muul ettevõtlusega seotud otstarbel. Kui füüsilisest isikust maksukohustuslane kasutab kaupa isiklikuks tarbimiseks, siis ei ole sellise kauba võõrandamine ettevõtluse tulemusena tekkinud käive KMS § 2 lg 2 ja § 4 lg 1 p 1 tähenduses. Sellise kauba käivet ei maksustata üldse käibemaksuga ning samuti ei ole sellise kauba võõrandamisest saadud kasu maksustatav tulumaksuga TuMS § 15 lg 4 p 4 alusel.

Kauba kasutamise all peetakse KMS § 41 lg-s 1 silmas kauba kasutamist muul ettevõtlusega seotud otstarbel. Kui füüsilisest isikust maksukohustuslane kasutab kaupa isiklikuks tarbimiseks, siis ei ole sellise kauba võõrandamine ettevõtluse tulemusena tekkinud käive KMS § 2 lg 2 ja § 4 lg 1 p 1 tähenduses. Sellise kauba käivet ei maksustata üldse käibemaksuga ning samuti ei ole sellise kauba võõrandamisest saadud kasu maksustatav tulumaksuga TuMS § 15 lg 4 p 4 alusel.

Tulumaksuseaduse alusel maksab füüsiline isik ettevõtlustulult tulumaksu sõltumata sellest, kas ta on ennast ettevõtjana registreerinud ja kas ettevõtlustulu on püsiv või peamine sissetulekuallikas.

TuMS § 15 lg-st 1 ja lg 4 p-st 4 tulenevalt ei ole vara võõrandamine alati ettevõtlus ja tulumaksuga võidakse maksustada kasu vallasasja võõrandamisest ka siis, kui pole tegemist ettevõtlusega. Üksnes isiklikus tarbimises oleva vallasasja võõrandamisel ei kuulu tulu maksustamisele.

Tulumaksuseaduse § 37 lg 1 ja § 38 lg 1 kehtivad vara võõrandamisest saadud kasu suuruse arvutamise kohta ka siis, kui vara võõrandamine toimub ettevõtluse käigus. Vara soetamismaksumus ja vara võõrandamisega seotud kulud ei ole käsitatavad ettevõtlusega seotud mahaarvamistena Tulumaksuseaduse 6. peatüki (§-d 32-35) mõttes. Kui maksuhaldur tuvastab, et vara võõrandamine kujutab endast ettevõtlust, siis sellisel juhul tuleb ettevõtlustuluks lugeda mitte kogu vara võõrandamisest laekuvat sissetulekut, vaid üksnes TuMS § 37 lg 1 kohaselt arvutatud kasu. Kogu müügihinna maksustamine ettevõtlustuluna on lubatud üksnes TuMS § 37 lõikes 2 nimetatud juhul, st kui ettevõtja on vara soetamismaksumuse eelnevalt TuMS § 32 alusel ettevõtlustulust maha arvanud.