Looduskaitseseadus (lühend - LKS)

Haldusorgan ei saa vabaneda haldusakti põhjendamise kohustusest üksnes seetõttu, et haldusakt antakse formaalselt määrusega. Kuigi HMS § 56 lg 1 lubab haldusakti põhjendused esitada ka eraldiseisvas dokumendis, peab sellele olema haldusaktis viidatud. Riigikohtu halduskolleegium on kohtuasjas nr 3-3-1-39-07 punktides 10 ja 12 leidnud, et haldusakti motiveeringuks ei saa pidada dokumenti, mida ei tehta teatavaks koos vaidlustatud haldusakti endaga, vaid mis pannakse üles haldusekandja kodulehele, ilma et sellele dokumendile oleks haldusaktis viidatud. Lisaks peavad haldusaktis olema esitatud vähemalt selle põhimotiivid. Kohtuasja nr 3-3-1-49-08 punktis 11 on kolleegium leidnud, et kui haldusakti adressaat ei näe haldusakti andmise põhjendusi selle andmise hetkel, siis ei ole tal efektiivselt ja argumenteeritult võimalik vaidlustada haldusakti andmise asjaolusid. Kolleegium on endiselt samadel seisukohtadel.

LKS § 8 lg 5 kohaselt on loodusobjekti kaitse alla võtmise menetluse algatamise eelduseks loodusobjekti kaitse alla võtmise ettepaneku alusel korraldatud ekspertiis. Siiski on võimalik ka menetluse käigus ekspertiisi puuduste kõrvaldamine või ekspertiisi korraldamine. Seega on olukorras, kui kaitse alla võtmise menetlus algab sellest hoolimata, et ekspertiisi pole toimunud, tegemist menetlusnõuete rikkumisega, mis vastavalt HMS §-le 58 ei pruugi tingimata kaasa tuua menetluse tulemusena antud haldusakti tühistamist. Kui aga menetlus algab ilma nõuetekohase ekspertiisita ning ka menetluse kestel ei korraldata ekspertiisi, mille käigus selgitataks välja kõik olulised asjaolud, ei saa menetluse tulemusena antav haldusakt (loodusobjekti kaitse alla võtmise otsus) olla õiguspärane, sest välja on selgitamata olulised asjaolud. Sellisel juhul on nõuetekohase ekspertiisi puudumine oluline menetlusrikkumine, mis annab aluse menetluse tulemusena antud haldusakti tühistamiseks.

LKS § 8 lg 5 kohaselt on loodusobjekti kaitse alla võtmise menetluse algatamise eelduseks loodusobjekti kaitse alla võtmise ettepaneku alusel korraldatud ekspertiis. Siiski on võimalik ka menetluse käigus ekspertiisi puuduste kõrvaldamine või ekspertiisi korraldamine. Seega on olukorras, kui kaitse alla võtmise menetlus algab sellest hoolimata, et ekspertiisi pole toimunud, tegemist menetlusnõuete rikkumisega, mis vastavalt HMS §-le 58 ei pruugi tingimata kaasa tuua menetluse tulemusena antud haldusakti tühistamist.

Euroopa Kohus on Euroopa Komisjoni algatatud rikkumismenetluses leidnud, et liikmesriik pidi täitma EÜ Nõukogu direktiivi nr 79/409/EMÜ (nn linnudirektiiv) art 4 lg-st 4 tulenevat kohustust vältida elupaikade saastamist või kahjustamist hoolimata sellest, et ala ei olnud kantud Natura 2000 erikaitsealade võrgustikku (vt Euroopa Kohtu 02.08.1993 otsust kohtuasjas nr C-355/90: Santo?a Marshes, p 22). Seega võivad direktiivist tulenevad kohustused olla teatud juhtudel kohaldatavad ka aladele, mis vastavad Natura linnualade hulka valimise teaduslikele kriteeriumidele, kuid ei ole riigi poolt erikaitsealade loetellu kantud.

Euroopa Kohus ei ole senises praktikas lubanud direktiivide vahetut kohaldamist riigi poolt isiku kahjuks (vt nt Euroopa Kohtu 08.10.1987 otsuse kohtuasjas nr 80/86: Kolpinghuis Nijmegen BV, p-i 9; Euroopa Kohtu 11.11.2004 otsuse kohtuasjas nr C-457/02: Antonio Niselli, p-i 29). Euroopa Kohtu järeldus tuleneb Euroopa Ühenduse asutamislepingu art 249 lg 3 sõnastusest: "Direktiiv on saavutatava tulemuse seisukohalt siduv iga liikmesriigi suhtes, kellele see on adresseeritud, kuid jätab vormi ja meetodite valiku selle riigi ametiasutustele." Seega saab direktiiv vahetult panna kohustusi üksnes liikmesriikidele, mitte aga üksikisikutele, ning direktiivile ei saa kohtus tugineda üksikisiku vastu.