Käibemaksuseadus (lühend - KMS)

Tulenevalt MKS § 46 lg-test 1-3 ja § 95 lg-st 2 peab maksuhaldur esitama maksuotsuses asjakohased põhjendused, miks asuti seisukohale, et kaup või teenus pole soetatud maksustatava käibe tarbeks. Ettevõtluseks tehtud kulutuse puhul tuleb sisendkäibemaksu mahaarvamise õiguse kontrollimisel kõigepealt selgitada, kas tegemist pole maksuvaba käibega. Ettevõtlusega seotuse kontrollimiseks tuleb esmalt tuvastada kauba või teenuse soetamise otstarve. Seejuures peab maksukohustuslane kaasaaitamiskohustuse täitmise korras esitama vastavad põhjendused. MKS § 56 lg 2 alusel tuleb maksukohustuslasel pidada arvestust maksustamise seisukohast tähendust omavate asjaolude kohta, säilitada ja vajadusel esitada tõendeid selliste asjaolude kohta. Kauba või teenuse soetamise otstarve peab olema kas ilmselge või peab otstarve või kasutamine olema kontrollitav.

Kui arvele on kantud nii äriühingu ärinimi kui ka juhatuse liikme nimi, siis võib ka selline arve olla nõuetekohane hoolimata sellest, et osa andmeid on kirjutatud käsitsi.

Tulenevalt MKS § 46 lg-test 1-3 ja § 95 lg-st 2 peab maksuhaldur esitama maksuotsuses asjakohased põhjendused, miks asuti seisukohale, et kaup või teenus pole soetatud maksustatava käibe tarbeks. Ettevõtluseks tehtud kulutuse puhul tuleb sisendkäibemaksu mahaarvamise õiguse kontrollimisel kõigepealt selgitada, kas tegemist pole maksuvaba käibega. Ettevõtlusega seotuse kontrollimiseks tuleb esmalt tuvastada kauba või teenuse soetamise otstarve. Seejuures peab maksukohustuslane kaasaaitamiskohustuse täitmise korras esitama vastavad põhjendused.

Kui arvele on kantud nii äriühingu ärinimi kui ka juhatuse liikme nimi, siis võib ka selline arve olla nõuetekohane hoolimata sellest, et osa andmeid on kirjutatud käsitsi.

MKS § 56 lg 2 alusel tuleb maksukohustuslasel pidada arvestust maksustamise seisukohast tähendust omavate asjaolude kohta, säilitada ja vajadusel esitada tõendeid selliste asjaolude kohta. Kauba või teenuse soetamise otstarve peab olema kas ilmselge või peab otstarve või kasutamine olema kontrollitav.

Käibemaksu objektiks loetakse ka kauba või teenuse omatarve (KMS § 4 lg 1 p 2). Kui kaup või teenus pole soetatud ettevõtluseks, siis ei tähenda see, et tegemist on maksustamisele kuuluva omatarbega. Kaup või teenus, mis pole soetatud ettevõtluseks, kuid puudub ka omatarve, maksustamisele ei kuulu. Sellise kauba või teenuse puhul ei saa sisendkäibemaksu maha arvata põhjusel, et seda kaupa või teenust ei kasutata maksustatava käibe tarbeks. Ettevõtlusega seotuse, omatarbe ja sisendkäibemaksu mahaarvamise õiguslikud alused ja maksuõiguslikud tagajärjed ning neile juhtumitele vastavad olulised asjaolud on erinevad. Sisendkäibemaksu mahaarvamise osas tuleb kontrollida, kas kaup või teenus on soetatud maksustatava käibe tarbeks, kas pole tegemist maksuvaba käibega.

Vaidluses sõiduautode omatarbe üle peab maksuhaldur käibemaksukohustuse õigeks väljaselgitamiseks tulenevalt KMS § 12 lg-st 7 tuvastama, kas neid autosid kasutati sellisel viisil, mis on hinnatav erisoodustuse andmisena tulumaksuseaduse mõttes (vt ka Riigikohtu 03.03.2009 otsuse asjas nr 3-3-1-93-08 p-e 10-13).

Tulenevalt MKS § 46 lg-test 1-3 ja § 95 lg-st 2 peab maksuhaldur esitama maksuotsuses asjakohased põhjendused, miks asuti seisukohale, et kaup või teenus pole soetatud maksustatava käibe tarbeks. Ettevõtluseks tehtud kulutuse puhul tuleb sisendkäibemaksu mahaarvamise õiguse kontrollimisel kõigepealt selgitada, kas tegemist pole maksuvaba käibega. Ettevõtlusega seotuse kontrollimiseks tuleb esmalt tuvastada kauba või teenuse soetamise otstarve. Seejuures peab maksukohustuslane kaasaaitamiskohustuse täitmise korras esitama vastavad põhjendused. MKS § 56 lg 2 alusel tuleb maksukohustuslasel pidada arvestust maksustamise seisukohast tähendust omavate asjaolude kohta, säilitada ja vajadusel esitada tõendeid selliste asjaolude kohta. Kauba või teenuse soetamise otstarve peab olema kas ilmselge või peab otstarve või kasutamine olema kontrollitav.

Müüjatel reaalse majandustegevuse puudumise tuvastamisel on ostja pahausksust kinnitavaks asjaoluks see, kas ostja teadis või pidi teadma, et müüjatel tegelikult majandustegevus puudub. Seda teades pidi ostja olema teadlik ka asjaolust, et müüjad ei saa olla talle teenuse osutajateks. Kui isik teadis või pidi teadma tehingu tegelikest asjaoludest, sh tehingu kohta esitatud dokumendi võimalikust fiktiivsusest, kuid kajastas seda dokumenti siiski maksukohustust vähendavana oma maksudeklaratsioonis, on tegemist ostja pahausksusega, sest toimumata tehingu kajastamine maksudeklaratsioonis saab oma iseloomult olla üldjuhul tahtlik tegu. Sellisel juhul ei pea kohtud tuvastama n-ö erilist sidet ostja ja müüja vahel näiteks selle näol, et müüjad olid ostja kontrolli või juhtimise all või et müüja seaduslikul esindajal on perekondlikud, töö- või muud sarnased suhted müüjate esindusõiguslike isikutega. Olukorras, kus ostja on "ostnud" fiktiivse arve "arvevabrikult", on "varifirma" loomine toimunud "arvevabrikuga" seotud isikute poolt ning "varifirma" ei ole ostja kontrolli ja juhtimise all. Sellisel juhul ei saa maksuhaldur "erilist sidet" tuvastada.

Kui isikute maksumenetluses antud seletused ja kohtumenetluses antud ütlused on vastuolulised, siis ei tohi kohus tugineda vaid kas maksumenetluses või kohtumenetluses antud ütlustele, ilma et ta põhjendaks, miks ta teises menetluses antud ütlusi ei arvesta. Kohaseks põhjenduseks ei saa olla üksnes väide, et ütlused kohtumenetluses on antud vande all. Kohtumenetluses tuleb hinnata kõiki tõendeid.

Kui maksuhaldurile vastu vaidleva äriühingu esindaja ning temaga tehtud tehingute teist poolt esindavate isikute seletused on omavahel vastuolus, võib see tähendada, et need seletused ei ole tõendina usaldusväärsed ega lükka ümber maksuhalduri esitatud seisukohti.

Maksukohustuslane saab vaide- või kohtumenetluses edukalt tugineda maksumenetluses esitamata jäetud maksukohustust vähendavale tõendile üksnes juhul, kui tõendite esitamata jätmine ei olnud tingitud tahtlusest või hooletusest (vt Riigikohtu 14.10.2007 otsust haldusasjas nr 3-3-1-47-07).

HKMS § 16 lg-st 3 ja TsMS § 232 lg-st 1 tuleneb kohtu kohustus hinnata tõendeid kogumis ja vastastikuses seoses. Kui haldusmenetluses ja kohtumenetluses kogutud tõendid on vastuolus, on kohtu ülesanne hinnata vastuolulisi tõendeid kogumis ning otsustada, millised tõendid on kohtu jaoks veenvad, ning selgitada, miks kohus neid veenvaks peab ja miks ta need otsuse tegemisel aluseks võtab. Samuti tuleb põhjendada, miks kohus ei pea veenvaks kõrvale jäetud tõendeid. Ütluste usaldusväärsuse kontrollimisel on oluline muu hulgas hinnata ka ütlustes väljendatud asjaolude "elulist usutavust" ehk seda, milline on ütlustes kajastuvate asjaolude üldine tõenäosus (vt Riigikohtu 01.09.2008 otsust asjas nr -1-1-61-08).

MKS § 102 lg 1 p 2 järgi maksuotsus muudetakse või tunnistatakse kehtetuks uue asjaolu või tõendi ilmnemise tõttu maksukohustuse vähendamiseks, kui asjaolu või tõendi hilisem teatavaks saamine ei olnud põhjustatud maksukohustuslase tahtlusest või hooletusest. Maksukohustuslane saab vaide- või kohtumenetluses edukalt tugineda maksumenetluses esitamata jäetud maksukohustust vähendavale tõendile üksnes juhul, kui tõendite esitamata jätmine ei olnud tingitud tahtlusest või hooletusest (vt Riigikohtu 14.10.2007 otsust haldusasjas nr 3-3-1-47-07).

Riigikohtu praktikast tuleneb, et sisendkäibemaksu mahaarvamine või tagastamise taotlemine võib olla alusetu eeskätt näiteks juhtudel, kui tehingu poolte vahel esineb pettusele viitav seos (asjad nr 3-3-1-39-03; 3-3-1-50-03); kui ostja ei näita üles äris nõutavat või tavapärast hoolsust, arvestades kaupade või teenuse iseärasusi, eriti juhul, kui väljapoole maksuõigust jääv seadus paneb tehingu poolele täiendavaid kohustusi ostu-müügi vormistamiseks või müüja isikusamasuse kontrollimiseks (asjad nr 3-3-1-40-03; 3-3-1-43-03; 3-3-1-52-03; 3-3-1-59-03); kui ostja ei teadnud ega pidanudki teadma, et müüja pole tegelik müüja ning see asjaolu ei võinud selguda ka ostja poolt äris nõutava ja tavapärase hoolsusega käitudes (asi nr 3-3-1-34-06); kui on tõendatud kaebaja osavõtt maksupettusest, kaebaja hooletusest tingitud pahausksus või muud asjaolud, mis annavad alust järeldada, et arvetel märgitud käivet faktiliselt ei toimunud (asi nr 3-3-1-97-07). Samuti on märgitud, et ainuüksi arvete nõuetekohasus ei välista tehingute mittetoimumist (asi nr 3-3-1-97-07). Seega juhtudel, kus vaidlus kauba või teenuse olemasolu üle puudub, kaup on reaalselt olemas ja teenust on osutatud, kuid seda ei saadud arvel märgitud registreeritud käibemaksukohustuslaselt, kuulub tõendamisele ka ostja pahausksus.

Kinnisasja käive oli KMS § 16 lg 2 p-st 3 lähtudes maksuvaba nii enne kui pärast 1. jaanuari 2006. Maksuvabastust ei kohaldatud ehitisele, mis võõrandati enne selle esmast kasutuselevõttu. Alates 1. jaanuarist 2006 ei kohaldata maksuvabastust ka siis, kui ehitist on oluliselt parendatud ja see võõrandatakse enne parendamisele järgnevat taaskasutuselevõttu. Enne 1. jaanuari 2006 polnud oluliselt parendatud ehitise võõrandamine enne selle taaskasutuselevõttu maksuobjektiks. Nii enne kui pärast 1. jaanuari 2006 võis maksuobjektiks olla juurdeehitis, mis võõrandati eraldi.

Mõisteid ehitise esmane ja taaskasutuselevõtt tuleb vaadata koos, kusjuures neil puudub kattuv osa. Kui taaskasutuselevõtt tuleb siduda varemkasutatud ehitise parendamisega, siis esmakasutuselevõtt uusehitisega. Ehitise parendamise sidumine esmakasutuselevõtuga moonutaks alates 1. jaanuarist 2006 kehtiva KMS § 16 lg 2 p 3 redaktsiooni sisu, sest nimetatud sätte alusel on oluline hoopiski see, millisel määral ehitist parendati. Kui parendustega seotud kulutused ületavad vähemalt 10% ehitise või selle osa soetusmaksumust enne parendamist, siis maksuvabastust ei kohaldata. Järelikult on varem kasutatud, kuigi parendatud ehitise võõrandamine maksuvaba käive, kui parendamine ei toimunud olulises määras. KMS § 16 lg 2 p-st 3 ei nähtu ega tulene, et oluline oleks kinnistu jagamine või ehitise sihtotstarbe muutmine.

Kinnisasja omanik võib teha oma vara säilitamiseks ja korrashoidmiseks kulutusi ka siis, kui kinnisasja valdus on üle antud teisele isikule. Sellised kulutused on ettevõtlusega seotud kulud isegi siis, kui kinnisasja omanik ei nõua neid valdajalt sisse. Vara kasutamiskõlblikkuse tagamiseks ja heas seisukorras hoidmiseks tehtud kulutused vähendavad tulevikus tekkivaid kulusid või võimaldavad kinnisasja omanikul saada hiljem tulu kinnisasja müügist või kasutada andmisest.

Enne 1. maid 2004 soetatud ja pärast 1. maid 2004 maksuvabalt võõrandatud kinnisasja soetamisel ja parendamiselt tasutud sisendkäibemaksu korrigeerimisel kehtib alates 1. maist 2004 kehtivas Käibemaksuseaduses sätestatud 10-aastane periood. Kalendriaastate arv alates kinnisasja kasutusele võtmisest oma ettevõtluses kuni seaduse jõustumiseni korrutatakse ümberarvestamise perioodi arvutamisel kahega. Käibemaksuseaduse vastavasisulise rakendussätte § 46 lg 5 kohaselt on seadusandja selgesõnaliselt soovinud rakendada uue seaduse kehtivust kogu 2004. aastale. Seda kinnitab ka näiteks sama paragrahvi lg-s 4 sätestatu, mille kohaselt lubatakse eluruumi käivet või eluruumi üürile andmist käibemaksuga maksustada tingimusel, et maksukohustuslane on maksustamise soovist maksuhaldurit kirjalikult teavitanud enne 2004. aasta 1. jaanuari.

Kaebuse osalise rahuldamise korral jagatakse HKMS § 92 lg 2 kohaselt menetluskulud proportsionaalselt kaebuse rahuldamisega. Kui vaidlustatud oli rahalist nõuet sisaldav haldusakt, siis tähendab proportsionaalne jagamine haldusakti tühistatud ja kehtivaks jäänud osa rahalise väärtuse vahekorrast lähtuvat arvutust. Teistsugusel põhimõttel saaks menetluskulusid jagada näiteks siis, kui lisaks rahalisele nõudele on vaidluse esemeks ka mitterahalised nõuded (näiteks tuvastamiskaebus või kaebus sellise haldusakti tühistamise nõudes, millega ei määrata maksusummat).

Sisendkäibemaks arvatakse maha kohe kaupade ja teenuste soetamisel või nende eest tasumisel, sõltumata sellest, millal tegelikult hakatakse kaupa või teenust kasutama. Sisendkäibemaksu mahaarvamisel ei ole oluline, kas ostja on tasunud kauba või teenuse eest osaliselt või täies ulatuses. Sisendkäibemaksu mahaarvamine on lubatud, kui tegemist on maksustatava käibe tarbeks soetatud kauba või teenusega. Käibemaksuga maksustamise seisukohalt on oluline kaupade võõrandamisele ja teenuste osutamisele suunatud majandustegevus (tootmine), mitte aga näiteks kasumi saamise eesmärk. Kaupade võõrandamine iseseisva kaubandustegevuse käigus tähendab ka seda, et soetatud kaup müükase hiljem edasi ning seejuures puuduvad soetamise hetkel tõendid võimaliku tarbimiseks kasutamise kohta.

Rehvitööde ja rehvide säilitamise ning sõiduauto kasutamise puhul peab maksukohustuslane suutma tõendada, milline seos on neil teenustel maksukohustuslase maksustatava käibega, sest nende teenuste puhul on ettevõtlusega mitteseotud kasutuse tõenäosus märkimisväärne. Kinnisvara puhul piisab asjaolust, et see ei ole elamiskõlblik.

Ehkki ettevõtjate vaheline käive maksustatakse, ei teki sellest ettevõtluskulude puhul ettevõtja jaoks tegelikku maksukoormust, sest kahe ettevõtja vahel selline tehing jääb kokkuvõttes maksuvabaks. Ka teeseldud või varjatud tehingu puhul tekib müüjal maksustatav käive ja sellelt käibelt käibemaksu tasumise kohustus. Nimetatud kohustusele korrespondeerub ostja õigus sisendkäibemaksu maha arvata.

Kui maksuotsus on nõuetekohaselt motiveeritud, siis läheb tõendamiskoormis üle maksukohustuslasele. MKS § 150 lg 1 kohaselt lasub maksukohustuslasel maksuotsusega määratud maksusumma vaidlustamise korral kohustus tõendada, et maksusumma määrati valesti (vt ka Riigikohtu 20.06.2007 otsuse asjas nr 3-3-1-34-07 p-i 13).

Teeseldud tehingu tähendust maksustamisel reguleerib MKS § 83 lg 4, mis sätestas kuni 01.01.2009, et teeseldud tehingut ei võeta maksustamisel arvesse. Kui teeseldud tehing tehakse teise tehingu varjamiseks, kohaldatakse maksustamisel varjatud tehingu kohta käivaid sätteid (vt Riigikohtu 23.09.2005 otsust asjas nr 3-2-1-80-05). MKS § 83 lg 4 kohaldamine eeldab varjatud tehingu tuvastamist. Maksuhaldur ei pea tegelikku tehingut tsiviilõiguslikult täpselt kvalifitseerima ning tehingu tsiviilõiguslik ja maksuõiguslik kvalifikatsioon ei pea alati kokku langema (vt ka Riigikohtu 04.10.1999 määrust asjas nr 3-3-1-31-99).

Vara võõrandamisest saadud kasu arvutamisel tuleb laekunud müügitulu vähendada sellelt arvutatud käibemaksu võrra. Samuti tuleb vara soetamismaksumust ja võõrandamisega seotud kulusid vähendada sisendkäibemaksuna maha arvatava käibemaksu võrra.

Maksumaksja saab teha mahaarvamisi ainult dokumentaalselt tõendatud kulude osas (MKS § 56 lg 2 teine lause). Nimetatud nõue pole aga takistuseks maksuhaldurile, kes võib maksusumma määramise aluseks olevad asjaolud tuvastada hindamise teel.

MKS § 94 lg 1 sõnastus "maksuhaldur võib" tähendab eeskätt pädevust ja volitust otsustada maksusumma määramine mitte üksnes dokumentaalsete tõendite ja täpsete andmete alusel, vaid ka hindamise teel. Maksuhaldur peab kaaluma, kas hindamine on vajalik ja lubatud. Kui hindamine on vajalik ja lubatud, on maksuhaldur kohustatud tuvastama tasumisele kuuluva maksusumma määramise aluseks olevad asjaolud hindamise teel. MKS § 94 lg-st 1 tuleneb, et hindamine on lubatud, kui maksu määramiseks vajalikud kirjalikud tõendid on puudulikud, ebapiisavad, mitteusaldusväärsed, hävinud või kadunud ja muude tõenditega ei ole võimalik maksukohustuse aluseks olevaid asjaolusid tuvastada. Maksuhalduri poolt hindamise kasutamine ei tohi viia olukorrani, kus maksukohustuslasele on kasulik oma kohustusi eirata. Hindamiseks sobiva meetodi peab valima maksuhaldur. Arvestada tuleb ka sellega, et vajadusel alustab maksuhaldur menetlust seoses maksualase süüteoga.

Arvestuse peab tegema maksukohustuslane ise. Kaasaaitamiskohustuse ulatusliku täitmise korral on võimalik ka see, et nimetatud arvestuse teeb maksuhaldur või kasutab vastavate oluliste asjaolude tuvastamiseks hindamist vastavalt MKS §-le 94.

MKS § 94 lg 1 sõnastus "maksuhaldur võib" tähendab eeskätt pädevust ja volitust otsustada maksusumma määramine mitte üksnes dokumentaalsete tõendite ja täpsete andmete alusel, vaid ka hindamise teel. Maksuhaldur peab kaaluma, kas hindamine on vajalik ja lubatud. Kui hindamine on vajalik ja lubatud, on maksuhaldur kohustatud tuvastama tasumisele kuuluva maksusumma määramise aluseks olevad asjaolud hindamise teel. MKS § 94 lg-st 1 tuleneb, et hindamine on lubatud, kui maksu määramiseks vajalikud kirjalikud tõendid on puudulikud, ebapiisavad, mitteusaldusväärsed, hävinud või kadunud ja muude tõenditega ei ole võimalik maksukohustuse aluseks olevaid asjaolusid tuvastada. Maksuhalduri poolt hindamise kasutamine ei tohi viia olukorrani, kus maksukohustuslasele on kasulik oma kohustusi eirata. Hindamiseks sobiva meetodi peab valima maksuhaldur. Arvestada tuleb ka sellega, et vajadusel alustab maksuhaldur menetlust seoses maksualase süüteoga.

Arvestuse peab tegema maksukohustuslane ise. Kaasaaitamiskohustuse ulatusliku täitmise korral on võimalik ka see, et nimetatud arvestuse teeb maksuhaldur või kasutab vastavate oluliste asjaolude tuvastamiseks hindamist vastavalt MKS §-le 94.

Kasutatud kauba käibemaksuga maksustamiseks on KMS §-s 41 sätestatud erikord, mille alusel saab maksukohustuslane, kes soetab kasutatud kauba edasimüügi tarbeks ning ei kasuta seda kaupa (lg 1), pidada maksustatavaks väärtuseks kauba müügi ja ostuhinna vahet, mida on vähendatud selles sisalduva käibemaksu võrra. Erikorra kohaldamiseks peavad olema dokumendid, mis tõendavad kauba soetamist vastavalt KMS § 41 lg-s 1 nimetatud tingimustele. Ainuüksi asjaolu, et isik pole pidanud eriarvestust, aga ei välista tema jaoks soodsama erikorra kohaldamist. Nõutava arvestuse puudumine ei tähenda keeldu arvestust tagantjärele teha. Niisuguse võimaluse eitamine tähendaks koormavama maksustamismeetodi kohaldamist, millel võib olla lubamatu karistuslik iseloom, üksnes seetõttu, et pole täidetud kohustust pidada eriarvestust. Arvestuse peab tegema maksukohustuslane ise. Kaasaaitamiskohustuse ulatusliku täitmise korral on võimalik ka see, et nimetatud arvestuse teeb maksuhaldur või kasutab vastavate oluliste asjaolude tuvastamiseks hindamist vastavalt MKS §-le 94.

Kauba kasutamise all peetakse KMS § 41 lg-s 1 silmas kauba kasutamist muul ettevõtlusega seotud otstarbel. Kui füüsilisest isikust maksukohustuslane kasutab kaupa isiklikuks tarbimiseks, siis ei ole sellise kauba võõrandamine ettevõtluse tulemusena tekkinud käive KMS § 2 lg 2 ja § 4 lg 1 p 1 tähenduses. Sellise kauba käivet ei maksustata üldse käibemaksuga ning samuti ei ole sellise kauba võõrandamisest saadud kasu maksustatav tulumaksuga TuMS § 15 lg 4 p 4 alusel.

Kauba kasutamise all peetakse KMS § 41 lg-s 1 silmas kauba kasutamist muul ettevõtlusega seotud otstarbel. Kui füüsilisest isikust maksukohustuslane kasutab kaupa isiklikuks tarbimiseks, siis ei ole sellise kauba võõrandamine ettevõtluse tulemusena tekkinud käive KMS § 2 lg 2 ja § 4 lg 1 p 1 tähenduses. Sellise kauba käivet ei maksustata üldse käibemaksuga ning samuti ei ole sellise kauba võõrandamisest saadud kasu maksustatav tulumaksuga TuMS § 15 lg 4 p 4 alusel.

Tulumaksuseaduse alusel maksab füüsiline isik ettevõtlustulult tulumaksu sõltumata sellest, kas ta on ennast ettevõtjana registreerinud ja kas ettevõtlustulu on püsiv või peamine sissetulekuallikas.

TuMS § 15 lg-st 1 ja lg 4 p-st 4 tulenevalt ei ole vara võõrandamine alati ettevõtlus ja tulumaksuga võidakse maksustada kasu vallasasja võõrandamisest ka siis, kui pole tegemist ettevõtlusega. Üksnes isiklikus tarbimises oleva vallasasja võõrandamisel ei kuulu tulu maksustamisele.

Tulumaksuseaduse § 37 lg 1 ja § 38 lg 1 kehtivad vara võõrandamisest saadud kasu suuruse arvutamise kohta ka siis, kui vara võõrandamine toimub ettevõtluse käigus. Vara soetamismaksumus ja vara võõrandamisega seotud kulud ei ole käsitatavad ettevõtlusega seotud mahaarvamistena Tulumaksuseaduse 6. peatüki (§-d 32-35) mõttes. Kui maksuhaldur tuvastab, et vara võõrandamine kujutab endast ettevõtlust, siis sellisel juhul tuleb ettevõtlustuluks lugeda mitte kogu vara võõrandamisest laekuvat sissetulekut, vaid üksnes TuMS § 37 lg 1 kohaselt arvutatud kasu. Kogu müügihinna maksustamine ettevõtlustuluna on lubatud üksnes TuMS § 37 lõikes 2 nimetatud juhul, st kui ettevõtja on vara soetamismaksumuse eelnevalt TuMS § 32 alusel ettevõtlustulust maha arvanud.

Riigikohus on seotud kassatsioonkaebuse piiridega. Kuna kassatsioonkaebus on esitatud üksnes äriühingu tehtud tehingutelt sisendkäibemaksu mahaarvamise õiguse kohta, siis ei saa Riigikohus võtta seisukohta maksuhalduri ja kohtute tõlgenduste kohta, mis puudutavad töötajate isiklike sõiduautode tarbeks soetatud kütuse kuludelt sisendkäibemaksu mahaarvamist ning Vabariigi Valitsuse 20. detsembri 2002 määruse nr 426 tõlgendamist või võimalikku vastuolu põhiseadusega. Riigikohus on sisendkäibemaksu mahaarvamise õigusega seotud vaidlusi ja ostja hoolsuskohustustega seonduvat käsitlenud põhjalikult mitmes otsuses, vt otsus asjas nr 3-3-1-34-06.

Ettevõtlusega mitteseotud kulu TuMS § 51 lg 1 tähenduses on väljamaksed, mille kohta maksumaksjal puudub raamatupidamist reguleerivates õigusaktides ettenähtud nõuetele vastav algdokument (TuMS § 51 lg 2 p 3) ning kulud või väljamaksed ettevõtlusega mitteseotud kohustuste täitmiseks (TuMS § 51 lg 2 p 5). TuMS § 51 lg 2 p 5 rakendamine eeldab, et vastav kulutus on küll tehtud, ent see ei ole ettevõtlusega seotud.

Tulumaksuarvestuses peab kuludokument võimaldama tuvastada majandustehingu toimumist näidatud poolte vahel (vt Riigikohtu 02.10.2003 otsuse asjas nr 3-3-1-50-03 p-i 11). Lisaks eelöeldule, peab kuludokument kajastama ka kauba või teenuse tegelikku hinda, mis on poolte vahel kokku lepitud. Nõuetekohasel algdokumendil tuleb märkida tehingu arvnäitajaid - kogus, hind, summa (RPS § 7 lg 1 p 4). Kui tehingu arvnäitajad on märgitud ebaõigesti, siis pole tegemist nõuetekohase algdokumendiga.

TuMS § 51 lg 2 p-s 5 nimetatud kulu või väljamakse saab olla ka ainult osaliselt ettevõtlusega mitteseotud ning sellest tulenevalt osaliselt maksustatav. Eeltoodu ei tähenda aga, et maksuhaldur saaks sisustada mõistet "ettevõtlusega osaliselt seotud kulu" selle kaudu, kas kauba või teenuse hind on ebamõistlik, majanduslikult põhjendamatu, möödapääsmatult vajalik vms. Müügihind on kahe lepingupoole kokkuleppe küsimus ja see võib olla turuhinnast nii suurem kui väiksem.

Kui residendist juriidilise isiku ja temaga seotud isiku vahel tehtud tehingu väärtus on erinev omavahel mitteseotud isikute vahel tehtavate sarnaste tehingute väärtusest, võib maksuhaldur TuMS § 50 lg 4 kohaselt tulumaksu määramisel kasutada tehingute väärtusi, mida rakendavad sarnastes tingimustes mitteseotud iseseisvad isikud. Seega vaid TuMS § 50 lg-s 4 sätestatud juhul on maksuhalduril õigus hinda korrigeerida vastavalt turuhinnale.

Tulumaksuga maksustatakse kõik sellised väljamaksed, mille kohta maksumaksjal puudub raamatupidamist reguleerivates õigusaktides ettenähtud nõuetele vastav algdokument. TuMS § 51 lg 2 punktis 3 sätestatud väljamakse puhul ei ole vaja tuvastada väljamakse seotust maksumaksja ettevõtlusega, sest sellised väljamaksed kuuluvad nii või teisiti maksustamisele.

TuMS § 51 lg 2 p-s 5 nimetatud kulu või väljamakse saab olla ka ainult osaliselt ettevõtlusega mitteseotud ning sellest tulenevalt osaliselt maksustatav. Kuid maksuhaldur ei saa sisustada mõistet "ettevõtlusega osaliselt seotud kulu" selle kaudu, kui suur on mingi kauba või teenuse hind ning kas see on ebamõistlik, majanduslikult põhjendamatu, möödapääsmatult vajalik vms. Müügihind on kahe lepingupoole kokkuleppe küsimus ja see võib olla turuhinnast nii suurem kui väiksem.

Kui residendist juriidilise isiku ja temaga seotud isiku vahel tehtud tehingu väärtus on erinev omavahel mitteseotud isikute vahel tehtavate sarnaste tehingute väärtusest, võib maksuhaldur TuMS § 50 lg 4 kohaselt tulumaksu määramisel kasutada tehingute väärtusi, mida rakendavad sarnastes tingimustes mitteseotud iseseisvad isikud. Seega vaid TuMS § 50 lg-s 4 sätestatud juhul on maksuhalduril õigus hinda korrigeerida ning rääkida saab turuhinnast, muudel juhtudel tuleb lähtuda sellest, kas kaup või teenus ise on ettevõtlusega seotud.

Äriühingu osanikele tehtud väljamakse puhul tuleb välja selgitada, kas tegemist on dividendi või muu kasumieraldisega, mida maksustatakse tulumaksuga vastavalt TuMS §-le 50. Väljamakse maksuõiguslik kvalifitseerimine dividendiks või juhatuse liikme tasuks ei sõltu üldjuhul sellest, kas äriühing on kinni pidanud äriseadustikus sätestatud kasumi jaotamise korrast (vt ka Riigikohtu halduskolleegiumi 13. veebruari 2008. a otsus asjas nr 3-3-1-90-07).

TuMS § 51 lg 1 ja lg 2 p 3 eesmärgiks on välistada põhjendamatute kulutuste tegemise kaudu äriühingust raha väljaviimine. Seetõttu maksustatakse tulumaksuga kõik sellised väljamaksed, mille kohta maksumaksjal puudub raamatupidamist reguleerivates õigusaktides ettenähtud nõuetele vastav algdokument. Ettevõtlustulust võib maha arvata ainult dokumentaalselt tõendatud kulusid. TuMS § 51 lg 2 punktis 3 sätestatud väljamakse puhul ei ole vaja tuvastada väljamakse seotust maksumaksja ettevõtlusega, sest sellised väljamaksed kuuluvad nii või teisiti maksustamisele. Nimetatud sätte alusel maksukohustuse tekkimisel, saab maksustamisele kuuluva summa määramisel kasutada MKS §-s 94 sätestatud hindamismeetodit. (vt ka Riigikohtu halduskolleegiumi 28. septembri 2006. a otsus asjas nr 3-3-1-47-06).

Kuludokument peab kajastama ka asja või teenuse õiget hinda. Raamatupidamise seaduses (edaspidi RPS) reguleerivad majandustehingute dokumenteerimist ja algdokumenti §-d 6 ja 7. Nõuetekohasel algdokumendil tuleb märkida tehingu arvnäitajaid - kogus, hind, summa (RPS § 7 lg 1 p 4). Kui tehingu arvnäitajad on märgitud ebaõigesti, siis pole tegemist nõuetekohase algdokumendiga(vt ka Riigikohtu 02.10.2003 otsuses asjas nr 3-3-1-50-03 p-i 11).

KMS § 46 lg-t 3 (erinormi) tuleb mõista kui ehitise või krundi võõrandamisele laienevat maksuvabastust tingimusel, et ehitamist on alustatud või vastav maa on soetatud enne 1. maid 2004.

KMS § 46 lg-s 3 kasutatud mõiste "soetamine" sisustamisel tuleb lähtuda "võõrandamise" mõiste määratlusest KMS § 2 lg-s 5. Mõistet "soetamine" kasutatakse võõrandamisele vastavate õiguste (st õigusi kasutada kaupa ja sellega seotud majanduslikke hüvesid omanikuna) üleandmise tähenduses. Soetamine tähendab õigusliku ja faktilise võimaluse loomist vara kasutamiseks sarnaselt omanikuga. Soetaja ei pea saama asja omanikuks soetamise ajal ja soetamisega.

Soetamise aja määramisel tuleb lähtuda KMS § 11 lg-st 1, mille kohaselt tekib käive kauba (ka kinnisasja) ostjale lähetamise või kättesaadavaks tegemisega (kinnisasja puhul üleandmisega) või kauba eest tasumisega sõltumatult kauba kättesaamisest. Kauba kättesaadavaks tegemine (üleandmine) tähendab asja valduse üleandmist. Seega langeb soetaja jaoks kauba soetamise aeg kokku käibe tekkimisega, millal kauba võõrandajal tekkis kauba KMS § 11 kohaselt võõrandamisest tulenev maksustatav või maksuvaba käive.

KMS § 46 lg 3 kohaldamisel maatüki puhul pole oluline, kas maa sihtotstarve on muutunud ja kas maa on jagatud väiksemateks kinnistuteks või kruntideks. Soetatud maatükk peab täielikult hõlmama omandatud ja võõrandatud kinnistu või kinnistud, kuid omandatud maatükk ja võõrandatud krunt võivad olla soetatud maatükist väiksemad.

KMS § 15 lõike 2 punktis 6 sätestatud käibemaksu soodusmäära kohaldamise tingimus, mille kohaselt riigi-, valla- või linnaeelarvest või Eesti Kultuurkapitalilt saadavad vahendid peavad moodustama etenduse või kontserdi korraldaja kalendriaasta eelarvetulust vähemalt 10 protsenti, on meelevaldne, sest puuduvad mõistlikud ja asjakohased põhjused, mis võiksid KMS § 15 lõike 2 punktis 6 sätestatud vahetegu õigustaksid. (p 22)

Sisulise võrdsuse idee kohaselt tuleb võrdseid kohelda võrdselt ja ebavõrdseid ebavõrdselt. Kuid mitte igasugune võrdsete ebavõrdne kohtlemine pole võrdsusõiguse rikkumine. Keeldu kohelda võrdseid ebavõrdselt on rikutud, kui kaht isikut, isikute gruppi või olukorda koheldakse meelevaldselt ebavõrdselt. Meelevaldseks saab ebavõrdset kohtlemist lugeda siis, kui selleks ei leidu mõistlikku põhjust. Kui on olemas mõistlik ja asjakohane põhjus, on ebavõrdne kohtlemine seadusloomes põhjendatud. (p 19)

Sisulise võrdsuse idee kohaselt tuleb võrdseid kohelda võrdselt ja ebavõrdseid ebavõrdselt. Kuid mitte igasugune võrdsete ebavõrdne kohtlemine pole võrdsusõiguse rikkumine. Keeldu kohelda võrdseid ebavõrdselt on rikutud, kui kaht isikut, isikute gruppi või olukorda koheldakse meelevaldselt ebavõrdselt. Meelevaldseks saab ebavõrdset kohtlemist lugeda siis, kui selleks ei leidu mõistlikku põhjust. Kui on olemas mõistlik ja asjakohane põhjus, on ebavõrdne kohtlemine seadusloomes põhjendatud. (p 19)

KMS § 15 lõike 2 punktis 6 sätestatud käibemaksu soodusmäära kohaldamise tingimus, mille kohaselt riigi-, valla- või linnaeelarvest või Eesti Kultuurkapitalilt saadavad vahendid peavad moodustama etenduse või kontserdi korraldaja kalendriaasta eelarvetulust vähemalt 10 protsenti, on meelevaldne, sest puuduvad mõistlikud ja asjakohased põhjused, mis võiksid KMS § 15 lõike 2 punktis 6 sätestatud vahetegu õigustaksid. (p 22)

KMS § 29 lg 5 (alates 1. maist 2004 kuni 31. detsembrini 2005 kehtinud redaktsioonis) on rakendatav vaid sellisele kaubale, mida maksukohustuslane enne võõrandamist ise oma majandustegevuses ei kasutanud. Nimetatud sätte kohaldamisel võib tekkida käibemaksu kumuleerumine, mida tuleks vältida, sest see moonutab konkurentsi ning on vastuolus ühetaolise maksustamise ja võrdse kohtlemise põhimõtetega. Seetõttu on vajalik Käibemaksuseadust tõlgendada selliselt, et kumulatsiooni ei tekiks. Kui Käibemaksuseaduses puudub konkreetne säte, mis kumulatsiooni väldiks, võib kõne alla tulla Euroopa Ühenduse Nõukogu Kuuenda Direktiivi (77/388/EMÜ) otsekohaldamine. Enne käibemaksukohustuslasena registreerimist soetatud kaupade võõrandamisele nendel juhtudel, mis ei ole hõlmatud KMS § 29 lõikega 5, s.t mille puhul ei ole ette nähtud sisendkäibemaksu mahaarvamist kauba võõrandamise kuul, on võimalik tulenevalt kuuenda direktiivi 20 lõikest 6, art 24 lõikest 5 ja art 13 osa B preambulast laiendada direktiivi art 13 osa B punktis c sätestatud maksuvabastust.

Kui Käibemaksuseaduses puudub konkreetne säte, mis väldiks käibemaksu kumulatsiooni, võib kõne alla tulla Euroopa Ühenduse Nõukogu Kuuenda Direktiivi (77/388/EMÜ) otsekohaldamine. Enne käibemaksukohustuslasena registreerimist soetatud kaupade võõrandamisele nendel juhtudel, mis ei ole hõlmatud KMS § 29 lõikega 5, s.t mille puhul ei ole ette nähtud sisendkäibemaksu mahaarvamist kauba võõrandamise kuul, on võimalik tulenevalt kuuenda direktiivi 20 lõikest 6, art 24 lõikest 5 ja art 13 osa B preambulast laiendada direktiivi art 13 osa B punktis c sätestatud maksuvabastust.

Käibemaksuga maksustamisel ei saa olla karistavat iseloomu ning käibemaksu kumuleerumist tuleb vältida ka siis, kui on aset leidnud maksupettus. Ainuüksi käibemaksupettuse toimepanemise fakt ei saa piirata sisendkäibemaksu mahaarvamise õigust seoses tehinguga, mille ehtsust on maksuhaldur tuvastanud ja kohtud kinnitanud. Maksukohustuslase pahauskne käitumine loob talle küll kõrgendatud tõendamiskoormuse maksukohustust vähendavate asjaolude tõendamisel, kuid ei anna maksuhaldurile õigust ignoreerida tõendatud asjaolusid, mis viitavad maksukohustuse vähendamisele.

Euroopa Kohtu 21.02.2006 otsuses kohtuasjas Halifax plc, Leeds Permanent Development Services Ltd, County Wide Property Investments Ltd vs Commissioners of Customs & Excise (C-255/02) on märgitud, et maksukohustuslasel ei ole õigust arvata maha sisendkäibemaksu siis, kui selle mahaarvamise aluseks olevad tehingud kujutavad endast kuritarvitust. Samuti on märgitud, et "Kui kuritarvituse olemasolu on tuvastatud, tuleb sellega seotud tehingud uuesti määratleda viisil, millega taastada selline olukord, nagu oleks olnud siis, kui kuritarvitust ei oleks esinenud".

Kui kohus tuvastab, et arvel näidatud ostja asemel on ostjaks teine isik, võib lugeda, et kohtuotsusega on tuvastatud tegelikule ostjale kuuluv sisendkäibemaksu mahaarvamise õigus. Kohtuotsusega selle tuvastamisega, et arvel näidatud isiku asemel on ostjaks teine isik, on tagatud, et sisendkäibemaksu saab maha arvata ainult arvel märgitud kauba tegelik ostja ning fiktiivne ostja kaotab sisendkäibemaksu mahaarvamise õiguse. Kuna taoline kohtu järeldus puudutaks isikute õigusi ja kohustusi, kes ei ole maksuotsuse adressaadiks ega kohtumenetluse osaliseks, on vaja kaasata kõik asjassepuutuvad isikud kohtumenetlusse kolmanda isikuna.

Kui maksumenetluse käigus on kogutud kõik maksu määramiseks vajalikud tõendid, siis ei tohi maksuhaldur viivitada maksu määramisega ning kohus ei pea jääma ootama, milline hinnang nendele tõenditele antakse kriminaalmenetluses. Kui kriminaalmenetluses tuvastatakse hiljem uued asjaolud, mis seavad kahtluse alla jõustunud maksuotsuse õigsuse, on maksukohustuslasel õigus taotleda maksuotsuse muutmist või kehtetuks tunnistamist vastavalt MKS § 102 lõikele 1. Asjaolu, et maksuotsuse kohta on olemas jõustunud kohtuotsus, ei võta ära õigust rakendada MKS § 102 lõiget 1. Jõustunud kohtuotsus vaid kinnitab haldusakti õiguspärasust, mitte ei keela haldusorganil õiguspärast haldusakti muuta, kui seadus näeb ette sellise võimaluse.