Halduskohtumenetluses on õiguskindluse kaitseks nähtud ette 30-päevane kaebetähtaeg. Õiguskindluse põhimõtet tuleb arvestada ka kaebetähtaja ennistamisel. Mida enam on kaebuse esitamisega hilinetud, seda kaalukam peab olema tähtaja ennistamise põhjus. Reeglina tuleb tähtaegselt esitatud tühistamiskaebuse läbivaatamisel õigusvastane ja kaebaja õigusi rikkuv haldusakt tühistada sõltumata õiguskindluse põhimõttele tuginevatest vastuväidetest. Protesti läbivaatamisel peab halduskohus alati arvestama õiguskindluse põhimõttega, sest protesti esitamiseks ei näe Halduskohtumenetluse seadustik ette tähtaega.
Kui kohtud on lugenud tähtaegselt esitatuks aastaid pärast vaidlustatud korralduse andmist ja täitmist esitatud kaebuse, on vajalik leida õiglane tasakaal efektiivse õiguskaitse ja õiguskindluse põhimõtte vahel. Kui kaebetähtaeg hakkab kulgema haldusakti andmise hetkest oluliselt hiljem, peab halduskohus tühistamiskaebuse läbivaatamisel kaaluma, kas kaebaja õigus nõuda haldusakti tühistamist kaalub üles kolmanda isiku võimaliku õiguspärase ootuse, et haldusakt jääb kehtima.