Patendiameti otsuseid kui haldusakte võib vaidlustada tööstusomandi apellatsiooni-komisjonis, kes on selliste vaidluste läbivaatamise kohtueelseks haldusorganiks. Tööstusomandi apellatsioonikomisjoni poolt tehtud otsus on samuti haldusotsus, mida saab vaidlustada üksnes halduskorras.
Patendiamet, registreerides vaid kaubamärgi, ei esine Kaubamärgiseaduse §-s 36 sätestatud juhtudel tsiviilõigussuhte poolena.