HKMS § 3 lg 2 sisaldab halduskohtu pädevust piiravat normi, mille kohaselt ei kuulu halduskohtu pädevusse vaidluste lahendamine, milleks seadus näeb ette teistsuguse menetluskorra. Kuna Vabariigi Valitsuse seaduse §-s 101 on sätestatud erikord riigiasutuste vaheliste õigusvaidluste lahendamiseks, ei ole sellised vaidlused halduskohtu pädevuses.
VVS § 101 lg-s 3 sätestatud õigusvaidluste lahendamise kord hõlmab ka neid juhtumeid, kus vaidlus tekib valitsusasutuste vahel riikliku järelevalve menetluses. VVS § 101 lg 3 eesmärgiks on välistada olemuslikult haldusesiseste subordinatsioonisuhete, samuti haldussüsteemi siseste järelevalvesuhete vaidlustatavus halduskohtus. AvTS § 53 lg-s 1 sisalduv osundus teabevaldaja kohtulikule kaebeõigusele Andmekaitse Inspektsiooni ettekirjutusele ei ole, arvestades VVS § 101 lg-t 3, laiendatav juhtudele, kui teabevaldajaks on riigiasutus.