Jätkuvate tegevuste puhul ei saa mõjude hindamisel võtta võrdlustasemeks olukorda, mis esineks hüpoteetiliselt siis, kui tegevuse elluviimist poleks alustatud, vaid võrdlustasemeks on olukord Natura ala moodustamise hetkel või vahepeal paranenud olukord. Andmete puudulikkus ei anna alust võrdsustada mõjude hindamisel jätkuvaid tegevusi uute tegevustega. (p 24)
Nii uute kui jätkuvate tegevuste puhul tuleb elupaigatüübi seisundi halvendamise keelu ja parandamise kohustuse juures arvestada mõju ka elupaiga tüübiomastele liikidele. (p 26)
Leevendusmeetmete rakendamiseks ei pea edasise kahju tekkimine olema kindel. Kahju tekkimine peab LKS 32 kontekstis aga olema võimalik konkreetse juhtumi asjaoludel, mitte abstraktselt seotud vastavat laadi tegevusega. Leevendusmeedet õigustab seejuures vaid niisugune negatiivne mõju, mida on võimalik vaidlusaluse meetmega ära hoida või vähendada ning mille eesmärki pole võimalik saavutada muul, isiku jaoks vähem koormaval viisil. (p 29)
LKS § 32 lg 2 ja loodusdirektiivi art 6 lg 2 keelavad hoiualal elupaikade ja kaitstavate liikide täiendava kahjustamise sõltumata sellest, kas nende seisundit saab parasjagu pidada soodsaks. Edasise halvendamise vältimiseks vajalike meetmete valimisel on liikmesriikidel kaalutlusruum, kuid saavutada tuleb keelu eesmärk. (p 31)
Loodusdirektiivi art 6 lg 2 ei sea kõrget tõendamiskünnist häirimise tuvastamiseks. Keelu rakendumiseks piisab, kui on olemas tõenäosus või risk, et tegevus häirib oluliselt mõnda liiki, ilma et oleks vaja tõendada põhjusliku seose olemasolu tegevuse ja olulise häirimise vahel. Häirimiseks on LKS § 32 lg 2 ja loodusdirektiivi art 6 lg 2 mõttes vaid keskkonna omaduste täiendav halvendamine, mitte senise halva olukorra säilimine. (p 37)
Liikide häirimise keelu puhul tuleb vaadelda mõju alal spetsiifiliselt kaitstavatele liikidele. (p 38)
Natura alade kaitse ei piirdu neist sätetest tulenevalt olemasoleva olukorra säilitamisega, vaid vajaduse ja võimaluse korral tuleb rakendada positiivseid kaitsemeetmeid elupaikade ja liikide seisundi parandamiseks. Keskkonnaloa kõrvaltingimusena arendajale asetatav kalapääsu rajamise kohustus võib põhimõtteliselt olla käsitatav asjakohase õigusliku või haldusliku meetmena. (p 42)
Loodusdirektiivi art 6 lg 1 elluviimine eeldab vaheetapina erikaitseala spetsiifiliste ja täpsete kaitse-eesmärkide kindlaksmääramist. Need eesmärgid ei pea olema kehtestatud õiguslikult siduva dokumendiga, kuid ei tohi olla sõnastatud üldiselt, vaid peavad olema spetsiifilised ja täpsed ning võimaldama kontrollida, kas eesmärkidel põhinevate kaitsemeetmete abil on võimalik saavutada ala soovitud kaitsestaatust. Eesmärgid peaks muuhulgas kajastama ala olulisust seal esinevate elupaigatüüpide ja liikide säilitamisel või taastamisel ning Natura 2000 võrgustiku sidususe tagamisel. Siiski ei ole liikmesriigid kohustatud juba kaitse-eesmärkide kindlaksmääramise etapis igal juhul tegema vahet kaitstavate objektide taastamisel ja säilitamisel, samuti ei pea eesmärgid olema tingimata kvantitatiivsed ja mõõdetavad. Eesmärgid tuleb kindlaks määrata teabe põhjal, mis saadakse liikide ja nende elupaikade olukorra teaduslikust analüüsist kõnealusel alal. Selleks on võimalik kasutada loodusdirektiivi art 4 lg 1 kohaselt alade erikaitsealaks määramise menetluses aluseks võetud teavet. (p 43)
Alapõhiste kaitse-eesmärkide seadmiseks ei piisa kaitseobjektide (elupaigatüübi ja liigi) kindlaksmääramisest. Tarvis on määrata iga asjaomase liigi ja elupaigatüübi taotletav seisund konkreetsel alal. (p 44)
Kalapääsu rajamisel tuleb selgitada, millise kvaliteeditasemega seisund millises ulatuses nii jõe kui kaitstavate liikide kaupa kalapääsu rajamise korral tõenäoliselt saavutataks ning kas ja miks see on vajalik, arvestades konkreetse ala olulisust nende elupaigatüüpide ja liikide säilitamisel või taastamisel ning Natura võrgustiku sidususe tagamisel. (p 45)
Elupaikade ja liikide seisundi parandamise meetmete rakendamist ei pruugi riigisiseselt takistada mistahes objektiivne puudus loodusdirektiivi art 4 lg 4 ülevõtmisel. Küll aga eeldab seisundi parandamise kohustuse asetamine eraisikutele, et vähemalt meetme kehtestamisel esitab riik piisavalt täpsetel ja realistlikel kaitse-eesmärkidel põhineva kontseptsiooni. See aitab tagada, et riigi tegevus erikaitsealade seisundi parandamisel oleks järjekindel, proportsionaalne, huvitatud isikutele ettenähtav ja kontrollitav. (p 47)