Kohus kinnitab kompromissi, kui see on õiguspärane, ei riiva menetlusse kaasamata isiku õigusi ja kompromissi on võimalik täita. Riigikohus saaks kinnitada kompromissi, millega menetlusosalised lahendavad otseselt vaid määruskaebuse esemeks oleva vaidluse. Sellise kompromissi raames saaksid menetlusosalised võtta ka kohustusi põhivaidluse kokkuleppelise lahendamise suhtes tulevikus. Võimalik oleks ka tingimuslik kompromiss, mille jõustumine seataks sõltuvusse põhi-vaidluse lahendist (HKMS § 154 lg 2 teine lause). Kuna menetlusosalised ei ole sellist kompromissi Riigikohtule esitanud, siis ei ole Riigikohus pädev kompromissi kinnitama ning see tuleb edastada halduskohtule.
Kompromissi kinnitamisel saab varasemaid lahendeid tühistada vaid kõrgema astme kohus, mitte halduskohus. Ka kõrgema astme kohtul on kompromissi kinnitamisel võimalik tühistada vaid jõustumata lahendeid.