Keskkonnatasudega seoses on seaduses sätestatud maksudeklaratsiooni esitamise kohustus (KeTS § 333). Seega kohaldub keskkonnatasu määramisele MKS § 98 lg-s 1 sätestatud kolmeaastane aegumistähtaeg. Sama aegumistähtaeg kohaldub ka juhul, kui isik tegutseb ilma loata ja keskkonnatasu määrab Keskkonnaamet keskkonnatasu teatega. (p 14)
Kuigi keskkonnatasu kuulub PS § 113 kohaldamisalasse, erineb see oluliselt maksudest. Maks on rahaline kohustus, millel puudub otsene vastutasu maksumaksja jaoks, keskkonnatasu on aga keskkonna kasutusõiguse hind. Keskkonnatasus kajastub keskkonnaõiguse põhimõttena tunnustatud "saastaja (või keskkonnakasutaja) maksab" põhimõte, mille kohaselt keskkonna kasutaja tegevusest põhjustatud negatiivse keskkonnamõjuga seonduvad kulud peavad jääma keskkonnakasutaja, mitte ühiskonna kanda. Keskkonnatasude puhul on tegu iselaadse rahalise kohustusega, mille reguleerimisel ja kohaldamisel tuleb arvestada ka keskkonnaõiguse põhimõtteid ja keskkonna säästmise eesmärki. Keskkonnatasu objekti kindlaksmääramise regulatsiooni kehtestamisel ei ole eksitud PS §-st 113 tuleneva seaduslikkuse nõude vastu. (p 18-19)
Kõrgendatud määra kohaldamine saastetasu arvutamisel saab üksikjuhtumil olla põhjendatud ja proportsionaalne vaid siis, kui tasu arvutamise aluseks võetud saasteaine kogus on võimalikult õigesti ja täpselt välja selgitatud. Kõrgendatud tasumäära kohaldamisel on ka karistuslik iseloom, kuid selle põhieesmärgiks on siiski selle kompenseerimine, et saasteainete loata keskkonda viimisel on oht keskkonnale oluliselt suurem kui loa alusel toimuva ja reguleeritud keskkonnakasutuse puhul. Võimaliku keskkonnakahju suurus ei sõltu seejuures sellest, kas ainete keskkonda sattumine põhjustati tahtlikult või hoolsuskohustuse järgimata jätmise tõttu ettevaatamatusest (vt RKHK 17. märtsi 2005 otsus asjas nr 3-3-1-3-05, p-d 9 ja 13). (p 24-15)
Kui kõrgendatud tasumäära kohaldati põhimõtteliselt loakõlbuliku tegevuse eest, millele hiljem ka luba anti, on kõrgendatud määra nõudmise eesmärgiks eelkõige isiku suunamine keskkonnaluba taotlema, mitte võimaliku keskkonnakahju kompenseerimine. Ebaproportsionaalselt suur keskkonnatasu võib rikkuda isiku omandipõhiõigust ja ettevõtlusvabadust. Keskkonnatasu lõppsumma proportsionaalsuse üle otsustamisel saab arvestada tegevuse ohtlikkust keskkonnale ja isiku süüd. (p 26)